Czy jednak podatnik powinien z tego tytułu podlegać odpowiedzialności karnej skarbowej? Zabiegając o porozumienie cenowe, może zostać przestępcą podatkowym, gdy cena towaru z wniosku będzie odbiegała od tej w księgach.
Problem wynika z tego, że regulacje dotyczące ustalania wysokości podatku od cen transferowych (czyli np. stosowanych między firmami należącymi do jednego holdingu) zawarte w ustawach o podatkach dochodowych – dział IIa, art. 20a – art. 20r ordynacji podatkowej – nie przystają do przepisów kodeksu karnego skarbowego (DzU z 2007 r. nr 111, poz. 765). Konstrukcja zobowiązań oraz sposób informowania o wysokości podstawy opodatkowania nie mieszczą się bowiem w opisywanych w k.k.s. przestępstwach.
Wątpliwości jest zresztą więcej. Nie wiadomo np., jaki charakter ma decyzja wydawana w sprawie cen transferowych. Czy jest ona ustalająca – czyli wskazuje wysokość podatku (bo minister finansów jako organ właściwy w tych sprawach ustala wysokość podatku)? Czy może określająca – kiedy to podmiot sam określa ceny i wysokość zobowiązania i ponosi za nie odpowiedzialność? A wtedy w razie pomyłki musi zapłacić odsetki za zwłokę od następnego dnia po upływie terminu płatności określonego w przepisach podatkowych (np. od dnia następnego po upływie terminu do złożenia zeznania rocznego dla osób prawnych).
Przepisy nie rozstrzygają również jednoznacznie kwestii decyzji sanacyjnej, czyli wydawanej za nieprzedstawienie szczegółowej dokumentacji podatkowej. Stawka podatku wynosi wówczas 50 proc.
Kolejną wątpliwością dotyczącą cen transferowych jest charakter ksiąg podatkowych, które odzwierciedlają ceny pomiędzy podmiotami powiązanymi. Należy bowiem uznać, że księgi te wskazują stan rzeczywisty (w księgach rejestruje się ceny rzeczywiście zapłacone, pomimo że nie mają one charakteru rynkowego). Zatem księgi prowadzone przez podmioty powiązane odzwierciedlające ceny rzeczywiście zapłacone są księgami rzetelnymi. Niestety sama świadomość ciążącej na firmie odpowiedzialności nie wystarczy. W praktyce bowiem nie uniknie się jej, jeśli cena towarów lub usług podana przez nią we wniosku o zawarcie porozumienia będzie odbiegała od tej, jaka wynika z prowadzonej przez nią księgowości. Jeśli przykładowo firma podała we wniosku, że zapłaciła za coś 10 000 zł, to dokładnie tyle powinna zapłacić. Ujawnia bowiem w ten sposób rzeczywistą podstawę opodatkowania. To, że cena ta nie będzie zgodna z cenami rynkowymi, to już zupełnie inna kwestia.