Z prowadzeniem własnej firmy łączą się przeróżne wydatki, związane m.in. z wyposażeniem jej biura w meble, sprzęt komputerowy, stworzeniem zaplecza socjalnego, a także zapewnieniem odpowiedniego wystroju (obrazy, kwiaty itp.). Większość z tych wydatków przedsiębiorca zaliczy do kosztów uzyskania przychodów. Będą bowiem miały związek z prowadzoną przez niego działalnością gospodarczą. Nie wszystkie jednak można w ten sposób rozliczyć.
Organy podatkowe mogą próbować kwestionować zasadność ponoszenia niektórych z nich, m.in. związanych z zapewnieniem wystroju firmy czy zakupem sprzętu (jeśli działalność prowadzona jest w mieszkaniu przedsiębiorcy). W takich sytuacjach to przedsiębiorca będzie musiał udowodnić organom podatkowym, że wydatki te są celowe i że mają związek z prowadzoną działalnością. Same deklaracje nie wystarczą.
Podatnik może mieć problemy z wykazaniem związku wydatków z prowadzoną działalnością, m.in. gdy do kosztów podatkowych zaliczy wydatki na zakup lodówki czy kuchenki mikrofalowej jako wyposażenia pomieszczenia socjalnego. Potwierdzają to interpretacje organów podatkowych (np. Pierwszego Urzędu Skarbowego w Zielonej Górze z 29 maja 2006 r., II-2/423/5/2006/KS). Problemów nie powinien mieć natomiast przedsiębiorca zaliczający do kosztów wydatki na zakup do firmy telefonów, faksów, mebli czy artykułów biurowych.
Przy zaliczaniu ponoszonych wydatków do kosztów podatkowych obowiązują ogólne zasady określone w art. 22 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych (updof) oraz art. 15 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (updop). Przedsiębiorca ma więc prawo zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów wszystkie wydatki, jeśli tylko mają one związek z prowadzoną działalnością gospodarczą i wpływ na wysokość osiąganych przychodów. Kosztami będą nie tylko wydatki pozostające w bezpośrednim związku z uzyskanymi przychodami, ale i te, które pozostają w związku pośrednim. Istotne jest to, by między poniesieniem wydatku i zamiarem osiągnięcia przychodów istniał związek przyczynowo-skutkowy. Niezbędne jest także to, by wydatek nie znajdował się wśród tych, których przepisy nie uznają za koszty uzyskania przychodów (art. 23 updof i art. 16 updop).
Przedsiębiorcy, zaliczając do kosztów wydatki związane z zakupem materiałów i sprzętu biurowego, powinni zwrócić uwagę na treść art. 23 ust. 1 pkt 49 updof oraz art. 16 ust. 1 pkt 52 updop. Przepisy te mówią, że nie uważa się za koszty uzyskania przychodów wydatków poniesionych na zakup stopniowo zużywających się rzeczowych składników majątku przedsiębiorstwa, które nie mogą być zaliczone do środków trwałych, jeśli: