Katalog wyłączeń z art. 16 ust. 1 updop zawiera ponad 60 kategorii. Niektóre z nich są uzasadnione. Dotyczy to np. wydatków o charakterze kapitałowym (które stają się kosztem podatkowym poprzez odpisy amortyzacyjne) czy też podatku dochodowego. Dla wielu innych trudno jednak znaleźć racjonalne powody. Poniżej wspomnimy o trzech takich przypadkach, lecz przykłady można by mnożyć.
Ustawodawca wyłączył z kosztów podatkowych koszty zaniechanych inwestycji (art. 16 ust. 1 pkt 41 updop). Tłumaczy się to tym, że Skarb Państwa nie powinien ponosić ciężaru nietrafnych decyzji podatników. Tymczasem często odstąpienie od inwestycji w jej trakcie nie oznacza, że rozpoczynając ją, popełniono błąd. Może być to spowodowane zmianą warunków gospodarczych, skutkiem czego dalsze prowadzenie projektu staje się nieracjonalne. Co ciekawe – przedsiębiorcy mogą odliczyć poniesione koszty prac rozwojowych, które nie zostały uwieńczone sukcesem, to znaczy nie doprowadziły do powstania wartości niematerialnych i prawnych (art. 15 ust. 4a updop). Tu ustawodawca był więc łaskawszy. Czy istnieje jednak uzasadnienie dla odmiennego traktowania podatkowego dwóch opisanych kategorii wydatków?
Niezrozumiałe jest też wykluczenie z kosztów strat powstałych w wyniku likwidacji nie w pełni umorzonych środków trwałych, jeśli utraciły przydatność gospodarczą na skutek zmiany rodzaju działalności (art. 16 ust. 1 pkt 6 updop). Zmiana taka może być – i w praktyce prawie zawsze jest – podyktowana potrzebami rynku, jest więc w pełni zasadna i racjonalna. W konsekwencji podatnik powinien być uprawniony do rozliczenia związanego z nią kosztu.
Kosztami nie są też – z pewnymi wyjątkami – składki na rzecz organizacji, do których przynależność podatnika nie jest obowiązkowa (art. 16 ust. 1 pkt 37 updop). Trudno to zaakceptować, ponieważ wstąpienie do wielu organizacji ma uzasadnienie biznesowe – sprzyja budowaniu marki, poszerzaniu profesjonalnych kontaktów czy wręcz zdobywaniu nowych klientów. Nie ma w tym wypadku znaczenia, że przedsiębiorca nie ma obowiązku członkostwa, skoro jest ono pożyteczne z punktu widzenia jego działalności gospodarczej. Przykładem mogą być niektóre organizacje zrzeszające firmy z określonej branży czy też międzynarodowe izby przemysłowo-handlowe. Trudno zrozumieć, jakie przesłanki kierowały ustawodawcą, który zabronił uwzględniania składek na ich rzecz w rachunku podatkowym przedsiębiorcy.
Dodatkowe problemy pojawiają się w postępowaniu podatkowym, gdy urzędnicy badają odliczone przez podatnika koszty. Ordynacja podatkowa nie pozostawia wątpliwości, że organy podatkowe są obowiązane do przeprowadzenia postępowania dowodowego. Zdarza się, że obowiązek ten nie jest realizowany – urzędnicy zachowują się biernie, od podatnika oczekując pomysłowości w dowodzeniu, że dany wydatek spełnia kryteria umożliwiające zaliczenie go do kosztów podatkowych.
Nie można zaprzeczyć, że współdziałanie podatnika jest zwykle potrzebne – bez niego organowi prowadzącemu postępowanie trudno byłoby zgromadzić dowody. Jednak w pierwszej kolejności to fiskus powinien poszukiwać odpowiedzi, czy dane usługi były rzeczywiście wykonane i czy są związane z działalnością (np. poprosić podatnika o wskazanie świadków, których można byłoby przesłuchać na taką okoliczność). Nie można więc zgodzić się z jednoznaczną tezą wyroku NSA z 8 grudnia 2006 r. (II FSK 1503/05): „z chwilą zakwestionowania zaliczenia przez organy podatkowe konkretnego wydatku, jako niebędącego kosztem uzyskania przychodów, na podatniku ciąży obowiązek wykazania, że zamiar poniesionych wydatków był obiektywnie związany z osiągnięciem lub nawet zamierzonym przychodem”.