Odliczenie podatku naliczonego od usług w ramach tzw. wykonania zastępczego, zwłaszcza w przypadku usług budowlanych, budzi spory. Świadczy o tym niekorzystny dla podatników wyrok NSA z 6 lipca 2017 r. (I FSK 2173/15). Rozstrzygnięcie to jest kontrowersyjne, a zaprezentowane w nim argumenty budzą wątpliwości.
Spór dotyczył odliczenia w przypadku gdy nabyte usługi były udokumentowane fakturą z doliczonym podatkiem. Podatnik był głównym wykonawcą robót budowlanych na rzecz innego podatnika (inwestora). W celu zrealizowania inwestycji korzystał z usług podwykonawców. Gdy świadczenia te zawierały usterki, niesolidny podwykonawca powinien był je nieodpłatnie usunąć. Alternatywą był zwrot kosztów naprawy wykonanej przez inny podmiot (podwykonawcę zastępczego). Podwykonawca zastępczy wystawiał natomiast fakturę na głównego wykonawcę.