W kwietniu 2004 r. wspólnicy spółki jawnej podjęli uchwałę o rozwiązaniu i zakończeniu prowadzonej działalności poprzez wniesienie całego przedsiębiorstwa do nowo utworzonej spółki akcyjnej. Cztery lata później akcjonariusze spółki zdecydowali o jej przekształceniu w spółkę komandytowo-akcyjną – spółka z o.o. Ta, jako następca prawny, wstąpiła we wszystkie przewidziane w przepisach prawa podatkowego prawa i obowiązki przekształconej spółki akcyjnej. Ostatecznie spór w sprawie sprowadził się do rozliczenia podatku za 2007 r. Fiskus uznał bowiem, że podatniczka zawyżyła koszty podatkowe o prawie 1 mln zł. Chodziło o kilka pozycji. Jedną z nich była wartość zawyżonych odpisów amortyzacyjnych od błędnie ustalonej wartości początkowej środków trwałych, a także rozliczone podatkowo odsetki od pożyczek, które miały być udzielone spółce akcyjnej, oraz równowartość środków uzyskanych ze zwolnienia z podatku od nieruchomości, w wysokości przekazanej na ZFRON.
Spółka uważała, że nie popełniła błędu i zaskarżyła decyzję fiskusa do sądu administracyjnego. WSA w Rzeszowie nie przyznał jej racji. Tak samo orzekł Naczelny Sąd Administracyjny. Sąd nie zgodził się ze skarżącą, że spółka jawna była obciążona długami funkcjonalnie związanymi z nią, w szczególności długiem wobec wspólników, co w konsekwencji doprowadziło do nieuzasadnionego zakwestionowania dodatniej wartości firmy powstałej w wyniku aportu.
NSA odwołał się do art. 4a pkt 2 ustawy o CIT. W jego ocenie, z definicji składników majątkowych, o których mowa w tym przepisie, jednoznacznie wynika, że nabywca przedsiębiorstwa (zorganizowanej części), ustalając początkową wartość (podatkową) firmy, ma prawo uwzględnić przejęte długi funkcjonalnie związane z prowadzoną działalnością zbywcy, jeżeli długi te nie zostały uwzględnione w cenie nabycia. Zamiarem ustawodawcy było więc wyłączenie z całokształtu przejętych zobowiązań tej grupy długów nabywanego przedsiębiorstwa, które nie są związane funkcjonalnie z prowadzoną działalnością gospodarczą zbywcy. Sąd uznał, że w przypadku wniesienia przedsiębiorstwa w formie wkładu niepieniężnego do spółki, pojęcie „składniki majątkowe" zawsze oznacza aktywa w rozumieniu ustawy o rachunkowości, pomniejszone o przejęte długi funkcjonalnie związane z prowadzoną działalnością zbywcy. Długi funkcjonalnie związane z działalnością gospodarczą to takie, które odpowiadają potrzebom tej działalności, są zgodne z jej rodzajem i specyfiką, a ich zaciągnięcie jest co najmniej wskazane w kontekście należytego jej prowadzenia i uzasadnione ekonomicznie. Będą to zatem zobowiązania wynikające z funkcjonowania przedsiębiorstwa, takie jak zobowiązania z tytułu zaciągniętych kredytów i pożyczek, zobowiązania wynikające z faktur itp. NSA uznał, że do długów tych nie mogą być zaliczone ani zobowiązania względem właścicieli z tytułu udziału w zyskach, ani uznane zobowiązania wynikające ze stosunków publicznoprawnych, np. zobowiązania wobec ZUS czy ZFŚS, jak również wszelkiego rodzaju rezerwy i odpisy, rozliczenia międzyokresowe, a także fundusze specjalne, tj. kategorie niebędące długiem w znaczeniu cywilistycznym.
NSA podkreślił, że nabywca aportowanego przedsiębiorstwa nie jest sukcesorem uniwersalnym wnoszącego aport w zakresie praw i obowiązków podatkowych. Osoba prawna, do której wniesiono aport w formie przedsiębiorstwa, nie wstępuje w prawa i obowiązki zbywcy tego przedsiębiorstwa wynikające z przepisów publicznoprawnych, wstępuje natomiast w prawa i obowiązki w znaczeniu cywilnoprawnym. Sporne zobowiązania publicznoprawne, mimo że nie zostały wyłączone w drodze czynności prawnej z aportowanego przedsiębiorstwa, nie wywołują zatem sukcesji przewidzianej w przepisach prawa podatkowego.
W ocenie NSA błędne przyjęcie wartości firmy upoważnia organy podatkowe do skorygowania tego błędu i ustalenia jej prawidłowej wartości na podstawie art. 16g ust. 10 pkt 2, art. 16g ust. 12 w zw. z art. 14 ustawy o CIT.
