Spółka jest generalnym wykonawcą robót budowlanych. Realizuje projekty na podstawie umów o roboty budowlane zawartych z zamawiającym. W przypadku części prac korzysta z usług podwykonawców, z którymi zawiera umowy podwykonawcze (umowy o roboty budowlane).
We wniosku o interpretację podatniczka wskazała, że w umowach zastrzega sobie prawo do obciążenia podwykonawców kosztami wykonania zastępczego (tj. wykonania zleconego innemu podmiotowi lub wykonanego własnymi zasobami). Chodzi o sytuacje, gdy w trakcie realizacji kontraktu budowlanego podwykonawca nie wykonuje zleconych prac w terminach przewidzianych w umowie bądź wykonuje je w sposób wadliwy lub nienależyty, a także gdy po zakończeniu projektu podwykonawca uchyla się od naprawy usterek (wad) stwierdzonych protokolarnie, a do których usunięcia zobowiązuje go umowa. W takich sytuacjach spółka – jako główny wykonawca odpowiedzialny za całość projektu budowlanego – po bezskutecznym wezwaniu podwykonawcy do terminowego lub należytego wykonania prac (usunięcia wad), zleca je podwykonawcy zastępczemu bądź sama wykonuje odpowiednie naprawy, a następnie ich kosztami obciąża podwykonawcę. Z perspektywy spółki jest to rekompensata za konieczność wykonania prac we własnym zakresie (ewentualnie zlecenia ich podwykonawcy zastępczemu) i na własną odpowiedzialność.
Firma zapytała czy koszty wykonania zastępczego oraz kary umowne, którymi obciążany jest podwykonawca dopuszczający się zaniedbań, mają charakter odszkodowawczy (kar zawartych w umowie) i w związku z tym nie mieszczą się w katalogu czynności podlegających opodatkowaniu zawartym w art. 5 ustawy o VAT.
Sama uważała, że te należności mają charakter odszkodowawczy i nie są czynnościami podlegającymi opodatkowaniu VAT.
Fiskus potwierdził stanowisko spółki w zakresie opodatkowania kosztów wykonania zastępczego realizowanego przez osoby trzecie oraz kar umownych, którymi obciążany jest podwykonawca dopuszczający się zaniedbań. Jednak nie przyznał jej racji w zakresie wykonania zastępczego zrealizowanego własnymi zasobami.