Otrzymanie przez sprzedawcę zaliczki na poczet przyszłych usług bądź dostaw towarów co do zasady powoduje konieczność wystawienia faktury zaliczkowej. Jeżeli otrzymane zaliczki nie stanowią 100 proc. należności z tytułu planowanej transakcji, to na podatniku dodatkowo spoczywa obowiązek wystawienia faktury rozliczeniowej (po zrealizowaniu dostawy lub po wykonaniu usługi). Wystawianie faktur zaliczkowych oraz faktur końcowych zasadniczo nie sprawia podatnikom problemu. Wątpliwości się pojawiają, gdy faktury wystawiane są w walucie obcej. Wówczas sprzedający często się zastanawiają, jaki kurs waluty zastosować przy sporządzaniu faktury rozliczeniowej.
Część zapłaty
Na podstawie art. 106b ust. 1 pkt 4 ustawy o VAT podatnik zobowiązany jest udokumentować fakturą otrzymanie zaliczki. Faktura taka powinna zostać wystawiona nie później niż 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym otrzymano zaliczkę (art. 106i ust. 2 ustawy o VAT). Taką fakturę określa się jako fakturę zaliczkową.
Zrealizowanie dostawy
Jeżeli faktura zaliczkowa nie obejmuje całej zapłaty, to w fakturze wystawionej po wykonaniu usługi lub dostawie towarów sumę wartości usług lub towarów pomniejsza się o wartość otrzymanych części zapłaty, a kwotę podatku pomniejsza się o sumę kwot podatku wykazanego w fakturach dokumentujących otrzymanie części zapłaty (art. 106f ust. 3 ustawy o VAT). Faktura wystawiona po wykonaniu usługi bądź dostawy towarów nazywana jest fakturą rozliczeniową lub końcową. Jak wskazuje art. 106f ust. 3 ustawy o VAT, na fakturze rozliczeniowej sumę wartości usług należy pomniejszyć o wartość otrzymanych części zapłaty, a kwotę podatku pomniejsza się o sumę kwot podatku wykazanego w fakturach zaliczkowych.
Podatnicy muszą więc wystawiać faktury rozliczeniowe, w przypadku gdy otrzymane od danego kontrahenta zaliczki nie pokrywają w 100 proc. zapłaty za świadczone usługi bądź dostawy towarów.
Przepisy ustawy o VAT nie formułują obowiązku wystawiania faktury rozliczeniowej w sytuacji, gdy uiszczona zaliczka pokrywa całość należności. Wówczas wystarczającym udokumentowaniem transakcji jest faktura zaliczkowa. Nie ma zatem konieczności, aby sprzedawca wystawiał fakturę rozliczeniową, jeżeli zaliczki otrzymane od kontrahenta obejmują całość wynagrodzenia.