Dotacja często jest dla przedsiębiorcy istotnym dofinansowaniem zadań inwestycyjnych i w rachunku ekonomicznym przedsiębiorstwa nierzadko może wręcz zdecydować o podjęciu modernizacji firmy. Najczęściej dzięki takiemu dofinansowaniu nabywane są składniki majątku uznawane za środki trwałe lub wartości niematerialne i prawne podlegające amortyzacji. W praktyce jednak dotacja jest formą zwrotu środków finansowych zaangażowanych pierwotnie przez przedsiębiorcę na nabycie dotowanego składnika majątku.
Przedsiębiorcy mają więc niejednokrotnie wątpliwości co do tego, w jaki sposób korygować wartość rozpoznanych pierwotnie kosztów uzyskania przychodów wywodzących się z odpisów amortyzacyjnych. Zarówno w przepisach o PIT, jak i o CIT obowiązuje bowiem reguła, zgodnie z którą za koszty uzyskania przychodów nie uznaje się odpisów z tytułu zużycia środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych od tej części ich wartości, która odpowiada poniesionym wydatkom na nabycie lub wytworzenie we własnym zakresie tych środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych, odliczonym od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym albo zwróconym podatnikowi w jakiejkolwiek formie (art. 23 ust. 1 pkt 45 ustawy o PIT, art 16 ust. 1 pkt 48 ustawy o CIT). Skoro zatem podatnik po rozpoczęciu procesu amortyzacji otrzymał dotację, to musi skorygować wartość odpisów amortyzacyjnych zaliczonych wcześniej do kosztów uzyskania przychodów.
Problem sprowadza się do ustalenia, czy w razie otrzymania kwoty dofinansowania należy dokonać korekty wstecznej, czy może dopuszczalne jest bieżące skorygowanie wartości kosztów uzyskania przychodów. To drugie rozwiązanie niewątpliwie byłoby łatwiejsze i korzystniejsze finansowo dla podatników. Niestety, w przepisach kwestia ta nie została jednoznacznie rozstrzygnięta.
Także organy podatkowe nie prezentują jednoznacznego stanowiska. Przykładowo Izba Skarbowa w Warszawie w interpretacji z 6 marca 2013 r. (IPPB5/423-1253/12-4/RS) wskazała na konieczność wstecznej korekty kosztów wynikających z odpisów amortyzacyjnych, co z kolei prowadzi do powstania zaległości podatkowej i konieczności zapłaty odsetek za zwłokę. Izba Skarbowa w Bydgoszczy w interpretacji z 3 marca 2014 r. (ITPB1/415-1231/13/DP) wskazała natomiast na zasadność rozpoznawania zmniejszonej wartości kosztów uzyskania przychodów, ale – co szczególnie istotne – od momentu podpisania umowy o dofinansowanie. Pogląd ten argumentowano istniejącą w dniu podpisania umowy o dofinansowanie wiedzą podatnika o przyszłej refundacji części poniesionych wydatków.
Inne stanowisko zaprezentował WSA w Gdańsku w wyroku z 26 marca 2014 r. (I SA/Gd 41/14). W orzeczeniu tym sąd w sposób jednoznaczny uznał za niewłaściwe wsteczne korygowanie wartości kosztów uzyskania przychodów w związku z otrzymaną przez podatnika dotacją. W treści wyroku podkreślono zarazem, że pierwotną wartość ujętych w kosztach odpisów amortyzacyjnych należy uznać za prawidłową, a dopiero moment otrzymania środków pomocowych na rachunek podatnika skutkuje obowiązkiem korekty kosztów z tytułu odpisów amortyzacyjnych. W ocenie sądu dopiero po otrzymaniu dotacji należy określić, jaka wartość odpisów dotychczas zaliczonych do kosztów powinna być z tych kosztów wyłączona (z racji zwrócenia podatnikowi części wydatków na zakup środka trwałego). Następnie o tę kwotę należałoby zmniejszyć koszty bieżące, a nie wstecznie korygować koszty z tytułu odpisów amortyzacyjnych.
