Istnieją pewne zagrożenia wynikające z osiągania przez spółki PGK strat podatkowych. Spójrzmy na warunek, jaki został postawiony w art. 1a ust. 2 pkt 4 ustawy o CIT: PGK ma obowiązek wykazywania za każdy rok podatkowy udziału dochodów w przychodach na poziomie co najmniej 3 proc.
Warto wspomnieć, że przepis ten w pierwotnym brzmieniu określał minimalną dochodowość potrzebną do zachowania statusu PGK na poziomie 8 proc. Wspomniany 3-proc. próg obowiązuje już od 1 stycznia 2004 r. i można domniemywać, że nie ulegnie całkowitemu zniesieniu. Ma bowiem na celu ochronę interesu Skarbu Państwa poprzez zabezpieczenie przed neutralizacją obciążeń podatkowych występujących w PGK.
Ustawodawca, wykluczając obowiązek uzyskiwania określonej dochodowości w ramach PGK, skłaniałby spółki do równoważenia poniesionych zysków i strat w celu wykazywania zerowych zobowiązań podatkowych. Jednocześnie istnienie art. 1a ust. 12 ustawy o CIT, wedle którego niespełnienie między innymi warunku dochodowości powoduje konsekwencje w postaci utraty statusu PGK w rozumieniu przepisów podatkowych.