Kolejnym aspektem charakterystycznym dla tego rodzaju sporów podatkowych jest kwestia dobrej wiary podatnika co do statusu swoich kontrahentów oraz wiążąca się z tym zagadnieniem kwestia dochowania przez podatnika należytej staranności w weryfikowaniu swoich partnerów handlowych. Zgodnie z dość ugruntowanym orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości UE, podatnik, który nie wiedział i przy dochowaniu należytej staranności nie mógł wiedzieć o tym, że dokonuje transakcji z podmiotem uczestniczącym w oszustwie podatkowym, nie może być obciążany konsekwencjami takiego zdarzenia, czyli zakwestionowaniem prawa do odliczenia podatku naliczonego lub zastosowania stawki zero proc. dla dostawy wewnątrzwspólnotowej. Trybunał wskazuje przy tym, że ciężar dowodu w tym zakresie spoczywa na organach podatkowych, a nie na podatniku. Takie zapatrywanie zaczęło być w ostatnim czasie akceptowane również przez polskie sądy administracyjne. Tego rodzaju okoliczności „mentalne" po stronie podatnika są raczej rzadkością w sprawach podatkowych. W sprawach podatkowych związanych z oszustwami podatkowymi wymaga to bowiem od (uczciwego) podatnika trochę innego podejścia do strategii postępowania dowodowego.

Uwaga!

Warto, by podatnik umiejętnie eksponował, że ciężar dowodu leży po stronie organu. Jest to warunek wyjściowy skutecznej obrony, ponieważ tzw. dowód pozytywny na istnienie dobrej wiary jest bardzo trudny do przeprowadzenia. Podatnik powinien jednak zgłaszać dowody na okoliczność, że nie wiedział o procederze i dochowując należytej staranności nie mógł się dowiedzieć. Pomocne tutaj mogą być wszelkiego rodzaju dokumenty wewnętrzne i procedury wskazujące, że podatnik w należyty sposób weryfikował swoich kontrahentów.

Reasumując, spory podatkowe, w których kwestionowane są rozliczenia podatnika ze względu na transakcje z podmiotami, które okazały się nierzetelne, trwają długo i są skomplikowane dowodowo. Podatnik powinien być przygotowany, że sprawa może zakończyć się dopiero przed Naczelnym Sądem Administracyjnym. Cały spór od momentu wszczęcia kontroli do uzyskania korzystnego wyroku może trwać nawet trzy lata.