Tak orzekł WSA w Bydgoszczy 5 marca 2013 r. (I SA/Bd 1053/12).
Spółka została utworzona przez gminę w celu udzielania poręczeń kredytów oraz pożyczek dla małych i średnich przedsiębiorców. W 2005 r. i 2006 r. zawarła umowy z Państwową Agencją Rozwoju Przedsiębiorczości (dalej: PARP), na podstawie których otrzymała środki pochodzące z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, z przeznaczeniem na udzielanie poręczeń kredytów oraz pożyczek. Otrzymane środki przechowywano na lokatach terminowych.
Przychody z lokat (odsetki) spółka rozpoznała jako przychody podatkowe. Chcąc zweryfikować poprawność rozliczeń podatkowych, spółka zapytała, czy odsetki od środków przyznanych na podstawie tych umów są zwolnione od podatku na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 24 w zw. z art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy o CIT, a jeśli tak, to czy nadpłaciła podatek za lata 2007–2010. W jej ocenie odsetki podlegały zwolnieniu od podatku, gdyż pochodziły ze środków otrzymanych z budżetu Unii Europejskiej.
Organ podatkowy uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe. Wskazał, że nie można zastosować w takim przypadku zwolnienia z CIT, ponieważ przyjęta na lata 2004–2006 zasada prefinansowania zakłada, że w początkowej fazie realizacji projektu związane z nim koszty pokrywa budżet państwa. Dopiero na etapie końcowym zwrot poniesionych nakładów następuje w ramach rozliczeń pomiędzy Polską a UE.
Spółka nie zgodziła się z takim rozstrzygnięciem i wniosła skargę do WSA w Bydgoszczy. Sąd uchylił interpretację. W jego ocenie zasada prefinansowania nie ma wpływu na zwolnienie, ponieważ pierwotnym źródłem środków jest budżet UE. Oznacza to, że odsetki od środków z dotacji UE, lokowanych na bankowych rachunkach terminowych, są zwolnione z opodatkowania CIT.

Anna Jaroszewicz konsultantka w Deloitte Doradztwo Podatkowe Sp. z o.o. (biuro w Szczecinie)
Komentuje Anna Jaroszewicz, konsultantka w Deloitte Doradztwo Podatkowe Sp. z o.o. (biuro w Szczecinie)
Komentowany wyrok jest kolejnym przykładem ukształtowanej linii orzeczniczej sądów administracyjnych, dotyczącej zwolnienia z opodatkowania CIT odsetek od środków pochodzących z bezzwrotnej pomocy przekazywanych podatnikom za pośrednictwem PARP.
Wykładnia przepisów art. 17 ust. 1 pkt 23 i 24 ustawy o CIT skłania do wniosku, że ustawodawca przewidział dwa warunki, których spełnienie umożliwia zwolnienie z CIT odsetek od środków zagranicznych lokowanych na bankowych rachunkach terminowych. Są to:
1) uzyskanie przez podatnika środków od wskazanego w art. 17 ust. 1 pkt 23 ustawy o CIT podmiotu zagranicznego, bezpośrednio lub za pośrednictwem krajowego podmiotu lub podmiotów upoważnionych do ich rozdzielania, oraz
2) charakter przedmiotowych środków, które muszą stanowić bezzwrotną pomoc zagraniczną.
Należy jednocześnie zwrócić uwagę, że żaden z powołanych powyżej przepisów nie ustanawia zakazu sfinansowania programów pomocowych poprzez zrefundowanie poniesionych uprzednio przez budżet państwa członkowskiego wydatków. Decydujące znaczenie ma bowiem ustalenie podmiotu, który finalnie ponosi ciężar finansowania programu pomocowego, z którego korzysta podatnik.
W omawianym rozstrzygnięciu WSA w Bydgoszczy wskazał, że możliwość skorzystania z przedmiotowego zwolnienia nie jest zależna od przyjętego w państwie członkowskim modelu dystrybucji środków pomocowych, na ustanowienie którego podatnik nie ma jakiegokolwiek wpływu. Przepisy organizacyjne i techniczne nie mogą bowiem niweczyć zasady, że środki pomocowe są wolne od CIT. W konsekwencji wymóg zagranicznego pochodzenia środków bezzwrotnej pomocy jest zachowany, jeżeli środki te w ostatecznym rozrachunku pochodzą z bezzwrotnej pomocy zagranicznej.
Komentowany wyrok wpisuje się w korzystną dla podatników linię orzeczniczą, prezentowaną zarówno przez sądy pierwszej, jak i drugiej instancji.
Z punktu widzenia przepisów ustawy o CIT należy zaznaczyć, że nie jest istotna okoliczność, czy pomoc była pierwotnie wypłacana ze środków pożyczonych z budżetu państwa, czy też bezpośrednio przez instytucje międzynarodowe. Sam sposób wypłaty środków finansowych w ramach realizowanych programów pomocowych jest wyłącznie kwestią techniczną, która nie ma znaczenia dla oceny źródła ich pochodzenia, a tym samym dla spełnienia przesłanki omawianego zwolnienia podatkowego.
Ponadto, uwzględniając powszechnie stosowaną praktykę prefinansowania lub refinansowania środków pomocowych należy zauważyć, że zwolnienia podatkowe przewidziane w art. 17 ust. 1 pkt 23 i 24 ustawy o CIT w zasadzie by nie funkcjonowały, ponieważ sposób przekazywania środków pomocowych uniemożliwiałby objęcie nimi uprawnionych beneficjentów.
Tym niemniej uchylona przez WSA interpretacja podatkowa jest dowodem na to, że organy podatkowe nie zawsze podzielają utrwalony w orzecznictwie pogląd, zgodnie z którym w odniesieniu do pochodzenia środków bezzwrotnej pomocy istotne jest pierwotne źródło, z którego ostatecznie pochodzi dochód podatnika.
—Piotr Wysocki współpracownik Zespołu Zarządzania Wiedzą Podatkową firmy Deloitte