Od wielu lat wytwórcy energii elektrycznej toczą spory ze Skarbem Państwa w kwestii dopuszczalności opodatkowania podatkiem akcyzowym realizowanych przez nich dostaw energii do dystrybutorów w okresie od stycznia 2006 r. do lutego 2009 r. Z końcem 2005 r. upłynął bowiem okres przejściowy na wdrożenie przez Polskę regulacji unijnych, według których opodatkowaniu mogą podlegać wyłącznie dostawy energii do ich odbiorców końcowych. Stosowne zmiany zostały wprowadzone przez Polskę dopiero 1 marca 2009 r.
Model rynku energii elektrycznej istniejący od momentu wprowadzenia podatku akcyzowego na energię elektryczną nie pozwalał na pełne przeniesienie jego kosztu na kolejne ogniwa obrotu. Roszczenia wytwórców energii elektrycznej o zwrot podatku zapłaconego nienależnie są więc uzasadnione także w świetle uchwały Izby Gospodarczej NSA z 22 czerwca 2011 r. (I GPS 1/11). Okoliczność ta pozwala również na budowanie stosownych roszczeń cywilnoprawnych przeciwko Skarbowi Państwa.
Sądy zgodne z fiskusem
Niezgodność polskich regulacji z przepisami unijnymi w okresie od stycznia 2006 r. do lutego 2009 r. została potwierdzona zarówno w wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE z 12 lutego 2009 r. (C-475/07, Komisja v. Polska), jak i w wyrokach części sądów administracyjnych. Wynika także z uzasadnienia postanowienia Trybunału Konstytucyjnego z 29 listopada 2010 r. (P 45/09).
Wydawać się mogło, że nic nie stoi na przeszkodzie, by wytwórcy energii elektrycznej otrzymali zwrot nadpłaty podatku na podstawie art. 72 § 1 ordynacji podatkowej (dalej: op). Podatek został bowiem zapłacony nienależnie, co zgodnie z brzmieniem tego przepisu jest jedyną przesłanką dla jego zwrotu (por. uchwała Izby Finansowej Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 lipca 2009 r., I FPS 4/09).
W walce z roszczeniami nadpłatowymi z odsieczą fiskusowi przyszła jednak Izba Gospodarcza NSA, która w uchwale z 22 czerwca 2011 r. (I GPS 1/11) z jednej strony potwierdziła niezgodność polskich przepisów z regulacjami unijnymi, z drugiej jednak przyjęła, że nie stanowi nadpłaty w rozumieniu art. 72 § 1 op kwota podatku zapłaconego nienależnie, którego koszt został przeniesiony na kontrahentów w cenie zbywanej energii.