Najmniej dotyczy powiązań kapitałowych (czyli sytuacji gdy określony podmiot bezpośrednio lub pośrednio dysponuje nie mniejszym niż 5-proc. udziałem w kapitale innego). Niemniej i w tym wypadku, mimo większej niż przy powiązaniach organizacyjnych czy personalnych precyzji ustawodawcy, pojawiają się wątpliwości z jednoznaczną kwalifikacją relacji pomiędzy stronami zawieranych transakcji. Dotyczą one zwłaszcza zdarzeń gospodarczych realizowanych z udziałem szczególnego rodzaju podmiotów.
Pojawia się na przykład problem z ustaleniem powiązania pomiędzy podmiotami, z których jeden jest spółką kapitałową, a drugi jednostką samorządu terytorialnego. Czy w tym wypadku pojawi się obowiązek sporządzania dokumentacji podatkowej?
Na takie pytanie odpowiedział Urząd Skarbowy w Nysie (interpretacja z 29 czerwca 2006 r., PDA/423-3/KD/06). Spółka z o.o. dostarczała wodę i odprowadzała ścieki. Ceny za dostawę wody i odbiór ścieków podlegały zatwierdzeniu, na podstawie przepisów ustawy o zbiorowym zaopatrzeniu w wodę i zbiorowym odprowadzeniu ścieków, przez organ gminy – radę miejską. Jednocześnie spółka dzierżawiła od gminy sieć wodociągową i kanalizacyjną.
Gmina posiadała 100 proc. udziałów w kapitale zakładowym spółki. Równocześnie burmistrz gminy, jako organ spółki (zgromadzenie wspólników), powoływał radę nadzorczą, a ta zarząd firmy. Między spółką z o.o. i gminą zawarte były transakcje, których wartość przekraczała ustalone w art. 9a ust. 2 ustawy o CIT limity.
Zdaniem spółki, mimo formalnego spełnienia warunków określonych w art. 11 ustawy o CIT, nie jest podmiotem powiązanym z gminą. Znaczna bowiem część elementów wskazujących na powiązanie wynika z innych przepisów regulujących sprawy samorządu gminnego oraz zbiorowego zaopatrzenia w wodę. Powiązania te są zatem przymusowe.