Sprawa trafiła więc do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie. Ten uznał, że stanowisko organów podatkowych jest nieprawidłowe. Podkreślił, że pojęcie ujawnienia środka trwałego zostało sprecyzowane w nowelizacji ustawy o CIT, która weszła w życie 1 stycznia 2003 r. (DzU z 2002 r. nr 141, poz. 1179). Wtedy uzupełniono art. 16d ust. 2, dodając, że późniejszy termin wprowadzenia środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych do ewidencji uznaje się za ujawnienie środka trwałego, o którym mowa w art. 16h ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT.
WSA podkreślił, że pod pojęciem „ujawnienie środka trwałego” należy rozumieć „ujawnienie składników majątku”. Nie ma bowiem żadnych racjonalnych powodów, aby ujawnione na skutek błędu w wycenie takie składniki jak wartość firmy nie mogłyby podlegać amortyzacji tylko dlatego, że zostały wprowadzone do ewidencji w okresie późniejszym. Za takim rozumieniem przepisów przemawia art. 16b ust. 2 pkt 2 lit. a ustawy o CIT. W myśl tego przepisu amortyzacji podlega również niezależnie od przewidywanego okresu używania wartość firmy, jeżeli powstała w wyniku nabycia przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części w drodze kupna. Zdaniem sądu trudno zgodzić się z twierdzeniem Izby Skarbowej w Warszawie, że w myśl art. 16d ust. 2 i art. 16h ust. 1 pkt 4 ustawy o CIT podatnicy nie mogą dokonywać odpisów amortyzacyjnych od wartości niematerialnych i prawnych, gdy nie zostaną one wprowadzone do ewidencji najpóźniej w miesiącu przekazania ich do używania. WSA podkreślił, że art. 16d ust. 2 nie wymienia jedynie „środków trwałych”, jak to błędnie wskazuje w uzasadnieniu decyzji Izba Skarbowa, ale odnosi się do „składników majątku”, o których mowa w art. 16a – 16c ustawy o CIT.
Aleksander Jarosz, konsultant w PricewaterhouseCoopers
To wyrok ważny nie tylko dla podatników, którzy w wyniku błędu nie wykazali wartości firmy. Przepisy nie są bowiem jednoznaczne i dotychczas były wątpliwości, jak postąpić z wartościami niematerialnymi i prawnymi, które z różnych powodów nie zostały na czas ujęte w ewidencji. Najczęściej było to spowodowane trudnościami w interpretowaniu skomplikowanych przepisów. Trudno więc znaleźć uzasadnienie dla stanowiska niektórych organów podatkowych, że tego rodzaju błąd całkowicie pozbawia podatnika możliwości zaliczenia wydatku do kosztów. Dobrze więc, że sąd w takich sytuacjach nakazał postępować tak samo, jak przy ujawnieniu środka trwałego.
Problemy z prawidłowym rozpoczęciem amortyzacji wartości niematerialnych i prawnych mają przede wszystkim podatnicy nabywający zespół składników, który może być traktowany jako przedsiębiorstwo. Wiele takich transakcji może być przyczyną sporów podatnika z fiskusem. Inny przykład to firmy kupujące wielomodułowe systemy informatyczne, które mogą mieć kłopoty z ustaleniem terminu rozpoczęcia amortyzacji. Część z nich czeka z tą decyzją do uruchomienia ostatniego modułu, mimo że wcześniej korzysta już z niektórych funkcji programu. To pozwala na jednorazowe ujęcie całej wartości programu i nie komplikuje ewidencji. Ten wyrok potwierdza, że ich postępowanie nie może być zakwestionowane. Nawet jeśli uznamy, że przepisy nakazują im rozpoczęcie amortyzacji w momencie oddania do eksploatacji pierwszej części systemu, to późniejsze ujęcie w ewidencji całej jego wartości należy potraktować jako ujawnienie wartości niematerialnych i prawnych.
Bank używa specjalistycznego oprogramowania komputerowego nabytego na podstawie umowy licencyjnej w 2002 r. Wskutek niedopatrzenia działu odpowiedzialnego za wdrożenie oprogramowania informacja o rozpoczęciu użytkowania trafiła do księgowości w listopadzie 2004 r., przy czym datę rozpoczęcia eksploatacji określono na 31 grudnia 2002 r. Czy do amortyzacji ujawnionej wartości niematerialnej i prawnej należy zastosować procedurę taką jak dla ujawnionego środka trwałego?