Trzeba o tym pamiętać, zwłaszcza w kontekście priorytetów, jakie Ministerstwo Finansów wyznaczyło inspektorom urzędów kontroli skarbowej na bieżący rok.
Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych (dalej ustawa o CIT) oraz ustawa o podatku dochodowym od osób fizycznych (dalej ustawa o PIT) i przepisy wykonawcze przewidują możliwość określenia przez organy podatkowe podstawy opodatkowania w drodze oszacowania. Ponadto, od 1 stycznia 2001 r., podatnicy przeprowadzający transakcje z podmiotami powiązanymi oraz mającymi miejsce zamieszkania, siedzibę lub zarząd na terytorium lub w kraju stosującym szkodliwą konkurencję podatkową muszą sporządzać szczególną dokumentację podatkową takich transakcji. Od 2007 r. obowiązkiem dokumentacyjnym objęte są także podmioty prowadzące działalność za pośrednictwem zagranicznego zakładu położonego w Polsce.
Firmy pragnące właściwie wywiązać się z tego obowiązku napotykają jednak liczne trudności, wynikające w szczególności z lakonicznej i niejasnej redakcji przepisów. Brak również obowiązującego wzoru dokumentacji podatkowej, który wskazywałby sposób prezentacji oraz szczegółowość informacji, jakie powinna zawierać.
Obowiązkiem utworzenia dokumentacji podatkowej objęte są transakcje z podmiotami powiązanymi. Tym samym w pierwszej kolejności konieczna jest właściwa identyfikacja kontrahentów. Weryfikacja powiązań dla celów określenia obowiązku dokumentacyjnego zawsze powinna być prowadzona zgodnie z przepisami ustawy podatkowej (art.11 ustawy o CIT i odpowiednio art. 25 ustawy o PIT). Trzeba o tym pamiętać, gdyż część firm utożsamia podmioty powiązane podatkowo z podmiotami powiązanymi na gruncie ustawy o rachunkowości. Tymczasem kryteria nie są identyczne. Szczególnie należy zwrócić uwagę na powiązania między podmiotami krajowymi, czyli mającymi siedzibę, zarząd lub miejsce zamieszkania na terytorium Polski, które mogą mieć postać nie tylko zależności kapitałowych czy organizacyjnych, ale także powiązań rodzinnych, ze stosunku pracy oraz majątkowych.
Jeśli już wiemy, którzy kontrahenci są „powiązani”, musimy zidentyfikować transakcje, które są objęte obowiązkiem sporządzenia dokumentacji. Przepisy nie precyzują, jak należy rozumieć określenie „transakcja”, a tym samym, jakie zdarzenia powinny zostać objęte tym obowiązkiem. W praktyce zasadniczo przyjmuje się, że jest to pojęcie zbieżne z pojęciem „umowa” w sensie cywilnoprawnym. Brak precyzyjnych wskazówek w tym zakresie pozwala na pewną dowolność w określaniu liczby dokumentacji podatkowych, przede wszystkim jednak należy pamiętać o zapewnieniu należytej ich przejrzystości.