Dostawca usług EDI powinien zagwarantować w umowie, że świadczona z jego strony wymiana danych elektronicznych spełnia standardy umowy w sprawie europejskiego modelu EDI (określone w art. 1 zalecenia Komisji Europejskiej z 19 października 1994 r. nr 1994/820/WE, odnoszące się do aspektów prawnych elektronicznej wymiany danych; DzUrz UE L 338 z 28 grudnia 1994 r.). Dostawca powinien zagwarantować również, że procedury stosowane przy tej wymianie gwarantują autentyczność pochodzenia faktury i integralność danych w niej zawartych. Zwrócił na to uwagę Urząd Skarbowy Warszawa-Mokotów (interpretacja z 16 marca 2007 r., 1433/NG/GV/443-04/2007/LŚ).
Zgodnie z przepisami rozporządzenia o e-fakturach „faktury mogą być wystawiane, przesyłane i przechowywane w formie elektronicznej”. Wymienione warunki muszą być spełnione łącznie, na co wskazuje użycie koniunkcji. Wystawienie faktury w formie elektronicznej skutkuje koniecznością jej przesłania do kontrahenta, a następnie przechowywania w formie elektronicznej (interpretacja Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie z 4 sierpnia 2006 r., 1471/NTR2-2/443-187/06/ MP). Faktury wystawiane elektronicznie przesyłamy i udostępniamy w tej formie odbiorcy. W tej formie również je przechowujemy, stosując elektroniczne urządzenia do przetwarzania (łącznie z cyfrową kompresją) i przechowywania danych, z wykorzystaniem technik teletransmisji przewodowej, radiowej, technologii optycznych lub innych elektromagnetycznych środków.
E-faktury mogą być wystawiane i przesyłane w formie elektronicznej, pod warunkiem uprzedniej akceptacji tej formy przez odbiorcę faktury. Akceptacja może być wyrażona w formie pisemnej lub elektronicznej. Autentyczność akceptacji w formie elektronicznej powinna być zapewniona bezpiecznym podpisem elektronicznym lub za pomocą EDI, zgodnie z wcześniej wskazanymi zasadami.
Brak gwarancji bezpieczeństwa e-faktur (tj. autentyczności ich pochodzenia i integralności ich treści) lub brak akceptacji e-faktur przez odbiorcę uniemożliwia dokumentowanie transakcji e-fakturą. Jeżeli nie byłyby spełnione wspomniane warunki, wystawienie i przesłanie faktury drogą elektroniczną może nie wywołać zamierzonych skutków prawnych. Jak zauważył Trzeci Mazowiecki Urząd Skarbowy w Radomiu (w związku z wystawianiem faktur w systemie niespełniającym wymogów EDI), w takim wypadku mielibyśmy do czynienia wyłącznie z przekazaniem do wiadomości odbiorcy treści faktury, a nie z wystawieniem faktury w rozumieniu przepisów o VAT (interpretacja z 28 sierpnia 2006 r., 1473/WV/ 443/ 617/90/2006/ RD).
Gdy nie ma gwarancji bezpieczeństwa lub akceptacji odbiorcy, powinna być wystawiona tradycyjna (papierowa) faktura.
E-faktury mogą być wystawiane i przesyłane w formie elektronicznej nie wcześniej niż od dnia następującego po tym, w którym odbiorca faktury dokonał akceptacji. W razie cofnięcia akceptacji przez odbiorcę faktury wystawca traci prawo do wystawiania i przesyłania mu faktur w formie elektronicznej od następnego dnia po tym, w którym otrzymał powiadomienie od odbiorcy o wycofaniu akceptacji.