Orzekł tak WSA w Olsztynie w wyroku z 13 grudnia 2007 r. (I SA/Ol 573-576/07).
Spór dotyczył ustalenia podmiotu zobowiązanego do zapłaty podatku od nieruchomości w odniesieniu do powierzchni pod jeziorami stanowiącymi własność Skarbu Państwa. Organy podatkowe ustaliły, że faktycznym posiadaczem podlegającej opodatkowaniu powierzchni jest zarządzająca nią w imieniu państwa Agencja Nieruchomości Rolnych (ANR). Została ona uznana za podatnika podatku od nieruchomości i obciążona zobowiązaniem podatkowym.
Agencja twierdziła, że zgodnie z art. 11 ust. 1 pkt 4 prawa wodnego uprawnienia właścicielskie w stosunku do wód publicznych stanowiących własność Skarbu Państwa wykonuje marszałek województwa. Ona, w świetle obowiązujących przepisów, jest tylko użytkownikiem gruntów pod tymi jeziorami.
WSA w Olsztynie oddalił jednak skargę. Powołując się na art. 21 ust. 1 prawa geodezyjnego i kartograficznego, orzekł, że decydujące znaczenie dla ustalenia podmiotu zobowiązanego do zapłaty podatku od nieruchomości ma zapis w ewidencji gruntów. Skoro w ewidencji to ANR figuruje jako faktyczny posiadacz nieruchomości, należało uznać decyzję organów za prawidłową.
—Anna Szmidt - Zespół Zarządzania Wiedzą Podatkową firmy Deloitte
Istotną kwestią związaną z opodatkowaniem podatkiem od nieruchomości gruntów leżących pod wodami jest ustalenie podmiotu odpowiedzialnego za składanie deklaracji i opłacanie podatku. Problem pojawia się, gdy grunty stanowiące własność Skarbu Państwa nie zostały przekazane w użytkowanie wieczyste ani w posiadanie zależne.
W omawianej sprawie jako faktyczny posiadacz gruntu pod jeziorami w ewidencji gruntów i budynków figurowała Agencja Nieruchomości Rolnych. Ponieważ dane w niej zawarte stanowią podstawę do wymiaru podatków, a sama ewidencja ma status dokumentu urzędowego, organ nie może jej pominąć w postępowaniu dotyczącym wymiaru podatku od nieruchomości. Należy mieć jednak na uwadze, że zapisy w ewidencji stanowią podstawę wymiaru podatków wtedy, gdy są zgodne z rzeczywistym stanem faktycznym i prawnym. W razie wątpliwości organ podatkowy jest uprawniony do przeprowadzenia przeciwdowodu.
Chociaż jeziora i grunty pod nimi stanowią własność Skarbu Państwa, to kwestia ustalenia podmiotu zobowiązanego do zapłaty podatku od nieruchomości od tych gruntów nie jest prosta. Skarb Państwa wykonuje bowiem swoje prawa właścicielskie przez określone podmioty, którym na mocy odrębnych ustaw przyznano prawo do reprezentowania go w określonych sprawach. Na mocy art. 217 ust. 5 prawa wodnego w stosunku do jezior zaliczonych do wód, o których mowa w art. 14 ust. 5, uprawnienia Skarbu Państwa wykonuje ANR, natomiast zgodnie z art. 11 ust. 1 pkt 4 uprawnienia właścicielskie w imieniu Skarbu Państwa w stosunku do wód wymienionych w art. 11 ust. 1 pkt 4 i gruntów pod tymi wodami wykonuje marszałek województwa. Określenie podmiotu, który będzie zobowiązany do złożenia deklaracji na podatek od nieruchomości i jego zapłaty w imieniu Skarbu Państwa powinno być więc dokonane po wnikliwej analizie stanu faktycznego, zwłaszcza właściwego określenia kategorii wód. WSA oddalając skargę, jako decydujące uznał zapisy w ewidencji gruntów i budynków. Należy jednak pamiętać, że zastosowanie ewidencji co do zasady nie zwalnia z obowiązku dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego.
