W wyniku kapitalizacji zobowiązanie pożyczkobiorcy z tytułu odsetek zostaje przekształcone w zobowiązanie z tytułu pożyczki poprzez doliczenie do jej kwoty zaległych odsetek.
Co do zasady skapitalizowane odsetki od pożyczek (kredytów) można zaliczyć do kosztów (mówi o tym art. 16 ust. 1 pkt 10 lit. a ustawy o CIT).
Pojawiają się jednak tutaj dwa główne problemy: ważność umowy przewidującej kapitalizację odsetek w świetle art. 482 kodeksu cywilnego oraz moment zaliczenia skapitalizowanych odsetek do kosztów uzyskania przychodów.
Zgodnie z art. 482 § 1 kodeksu cywilnego od zaległych odsetek można żądać odsetek za opóźnienie dopiero od chwili wytoczenia o nie powództwa. Chyba że po powstaniu zaległości strony zgodziły się na doliczenie zaległych odsetek do dłużnej sumy. Często kontrahenci przewidują natomiast już w umowie pożyczki, że naliczane stopniowo odsetki będą powiększały kwotę zobowiązania głównego. Zdarza się jednak, że takie postanowienia umowne są kwestionowane przez organy podatkowe, jak również sądy administracyjne. [b]NSA w wyroku z 4 lutego 2003 r. (III SA 1733/01)[/b] zanegował możliwość zaliczenia do kosztów skapitalizowanych odsetek. Chodziło o sytuację, gdy z treści umowy pożyczki wynikało, że strony z góry, przy jej zawarciu, zakładały, iż pożyczkobiorca będzie płacił także odsetki od zaległych odsetek. To tzw. anatocyzm, czyli naliczanie odsetek od odsetek (tzw. procentu składanego), zanim powstaje zaległość (podobnie[b] WSA w Lublinie w wyroku z 20 stycznia 2006 r., I SA/ Lu 533/05)[/b]. Anatocyzm jest natomiast zakazany.
Problem dotyczy nie tylko możliwości uznania za koszty uzyskania przychodów nieprawidłowo skapitalizowanych odsetek, ale oczywiście również odsetek od nich, choćby były wypłacone, jako że źródłem ich powstania są zapisy umowy dotknięte wadą nieważności.