Inne są zdania, że należy cofnąć się do deklaracji, w której pierwotnie rozliczyliśmy WNT tego towaru. Tak uważa np. Pierwszy Mazowiecki Urząd Skarbowy w Warszawie. W jego piśmie z 24 lipca 2006 r. (1471/NTR1/443-165/06/AM) czytamy: „dokonując zwrotu towaru zakupionego w ramach WNT strona obowiązana jest wystawić wewnętrzną fakturę korygującą wartość uprzednio dokonanego wewnątrzwspólnotowego nabycia tego towaru oraz dokonać odpowiedniej korekty deklaracji (VAT-7) oraz informacji podsumowującej (VAT UE), w których wykazała to nabycie”. W interpretacji z 30 marca 2007 r. (1471/VTR1/443-1/07/MA) urząd uzasadniał, że jest to konieczne „w celu zapewnienia zgodności kwot WNT wykazanych zarówno w deklaracjach VAT-7, jak i informacji podsumowującej za dany okres”.
Jeszcze inne twierdzą, że właściwą datę rozliczenia wewnętrznej faktury korygującej powinna wyznaczać data otrzymania korekty faktury (noty korygującej) od unijnego kontrahenta (tak Świętokrzyski Urząd Skarbowy w piśmie z 16 stycznia 2007 r., RO/443-67/06, Pierwszy Wielkopolski Urząd Skarbowy w Poznaniu w piśmie z 11 maja 2007 r., ZP/443-39/07, Izba Skarbowa w Łodzi w cytowanej wcześniej decyzji, Izba Skarbowa w Opolu w decyzji z 11 sierpnia 2005 r., PP-II-005/27/BG/05).
Można się też spotkać ze stanowiskiem, że korektę faktury wewnętrznej dokumentującą zwrot towarów unijnemu kontrahentowi należy rozliczyć za okres, w którym kontrahent ten wystawił dokument korygujący WNT (tak cytowany wcześniej Urząd Skarbowy w Legionowie, Drugi Śląski Urząd Skarbowy w Bielsku-Białej w piśmie z 25 września 2006 r., PP/443-82/KW-06-61242). Prawidłowość takiego sposobu postępowania potwierdzają też nasi eksperci(patrz ramka)
Inna wątpliwość wiążąca się z korektami WNT dotyczy właściwego kursu waluty, jaki należy zastosować do przeliczenia kwot z faktury/noty korygującej wystawionej przez kontrahenta. Organy podatkowe na ogół są zgodne – powinien to być kurs pierwotnie przyjęty do rozliczenia WNT. Jak czytamy w powołanej wcześniej interpretacji Pierwszego Wielkopolskiego Urzędu Skarbowego w Poznaniu: „faktura korygująca jest zawsze związana z fakturą pierwotną, dokumentującą daną transakcję. (...) Spółka powinna rozliczyć przedmiotowe korekty zgodnie z kursami walut właściwymi dla faktur pierwotnych. Moment wystawienia pierwotnej faktury wewnętrznej będącej odzwierciedleniem faktur otrzymanych od kontrahentów z krajów członkowskich Wspólnoty determinuje bowiem kurs, po jakim powinny być rozliczane późniejsze korekty związane z danymi czynnościami. Późniejsze wystawienie faktur korygujących modyfikuje bowiem jedynie dane wykazane na pierwotnych fakturach, nie może mieć wpływu na zmianę zastosowanego uprzednio i prawidłowo przyjętego kursu przeliczenia waluty obcej”.
Do korekty WNT przyjmujemy ten sam kurs waluty co do wystawienia faktury wewnętrznej dokumentującej to nabycie
Dodatkowe argumenty za takim rozwiązaniem przedstawił cytowany wyżej Świętokrzyski Urząd Skarbowy: „zastosowanie odmiennych kursów waluty obcej w fakturze pierwotnej i korygującej doprowadziłoby do powstania ujemnych lub dodatnich różnic kursowych wpływających na wysokość podstawy opodatkowania, która pod tym względem powinna być neutralna dla potrzeb rozliczenia podatku od towarów i usług”.