Zdecydował tak Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w wyroku z 7 listopada 2007 r. (I SA/Ol 486/07).
Problemy podatnika z urzędem skarbowym zaczęły się od kontroli podatkowej u jego kontrahenta. To na podstawie otrzymanych od niego faktur podatnik obniżył VAT należny o naliczony za kwiecień, maj i grudzień 2004 r. oraz za sierpień 2005 r. Organy podatkowe – na podstawie posiadanych danych rejestracyjnych – stwierdziły jednak, że wystawcę faktur wykreślono z rejestru podatników z powodu nieskładania deklaracji podatkowych.
Kontrahent zarejestrował się ponownie dopiero we wrześniu 2006 r. W dacie wystawienia zakwestionowanych faktur nie był więc zarejestrowany jako podatnik VAT. Nie mógł więc ich wystawiać. Takie prawo mają tylko zarejestrowani podatnicy, posiadający numer identyfikacji podatkowej.
Organ podatkowy twierdził, że zgodnie z przepisami nie są podstawą do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury dokumentujące sprzedaż, wystawione przez podatnika nieistniejącego lub nieuprawnionego do ich wystawiania. Przyjmując faktury od kontrahenta nieuprawnionego do ich wystawienia, podatnik nie mógł obniżyć podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Bez znaczenia jest to, że ich wystawca był zobowiązany do zapłaty wykazanego podatku, jak też to, że udokumentowane tymi fakturami usługi faktycznie wykonano.
Fiskus twierdził też, że podatnik nie dołożył należytej staranności, aby ustalić status swego kontrahenta. Gdyby złożył odpowiedni wniosek, naczelnik urzędu skarbowego potwierdziłby, czy wystawca faktury jest zarejestrowanym podatnikiem VAT. Podatnik nie widział jednak takiej potrzeby. Znał kontrahenta jako zarejestrowanego podatnika VAT (wcześniej już współpracowali).
Zdaniem organów podatkowych prawo do odliczenia podatku naliczonego jest rzeczywiście podstawowym uprawnieniem wynikającym z konstrukcji i zasad opodatkowania VAT. Jednak jego realizacja musi odbywać się zgodnie z prawem, m.in uregulowaniami dotyczącymi faktur. Dyrektywa VAT mówi w art. 226 wyraźnie, jakie elementy powinna zawierać faktura. Wymienia m.in. numer identyfikacyjny dla celów podatku od wartości dodanej, pod którym podatnik zrealizował dostawę lub świadczenie usług.
O uzależnieniu prawa do odliczenia podatku naliczonego od posiadania faktury spełniającej wymogi formalne mówią również orzeczenia Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości. Zdaniem Trybunału podatnik, który wykaże VAT na fakturze, jest zobowiązany do jego zapłaty, natomiast nabywca nie zawsze jest uprawniony do odliczenia.
Argumenty te nie przekonały jednak sądu. WSA uchylił decyzję organów podatkowych. Stwierdził, że ograniczenie prawa do odliczenia podatku naliczonego nastąpiło ze względów formalnych, niezawinionych przez skarżącego. Tymczasem nie można obciążać podatnika skutkami nadużyć jego kontrahenta. Zdaniem sądu sprzeczna z prawem wspólnotowym jest taka wykładnia art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. a) ustawy o VAT, która uprawnia organ podatkowy do odmowy odliczenia VAT zawartego w fakturach dotyczących faktycznie zrealizowanych usług, na tej tylko podstawie, że usługodawca nie dopełnił obowiązków rejestracyjnych. Podatnik niewątpliwie zapłacił VAT w cenie usługi. Ma zatem prawo do jego odliczenia.
