Zdecydował tak Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w wyroku z 7 listopada 2007 r. (I SA/Ol 486/07).
Problemy podatnika z urzędem skarbowym zaczęły się od kontroli podatkowej u jego kontrahenta. To na podstawie otrzymanych od niego faktur podatnik obniżył VAT należny o naliczony za kwiecień, maj i grudzień 2004 r. oraz za sierpień 2005 r. Organy podatkowe – na podstawie posiadanych danych rejestracyjnych – stwierdziły jednak, że wystawcę faktur wykreślono z rejestru podatników z powodu nieskładania deklaracji podatkowych.
Kontrahent zarejestrował się ponownie dopiero we wrześniu 2006 r. W dacie wystawienia zakwestionowanych faktur nie był więc zarejestrowany jako podatnik VAT. Nie mógł więc ich wystawiać. Takie prawo mają tylko zarejestrowani podatnicy, posiadający numer identyfikacji podatkowej.
Organ podatkowy twierdził, że zgodnie z przepisami nie są podstawą do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury dokumentujące sprzedaż, wystawione przez podatnika nieistniejącego lub nieuprawnionego do ich wystawiania. Przyjmując faktury od kontrahenta nieuprawnionego do ich wystawienia, podatnik nie mógł obniżyć podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Bez znaczenia jest to, że ich wystawca był zobowiązany do zapłaty wykazanego podatku, jak też to, że udokumentowane tymi fakturami usługi faktycznie wykonano.
Fiskus twierdził też, że podatnik nie dołożył należytej staranności, aby ustalić status swego kontrahenta. Gdyby złożył odpowiedni wniosek, naczelnik urzędu skarbowego potwierdziłby, czy wystawca faktury jest zarejestrowanym podatnikiem VAT. Podatnik nie widział jednak takiej potrzeby. Znał kontrahenta jako zarejestrowanego podatnika VAT (wcześniej już współpracowali).
