W praktyce ocena, czy danymi kosztami wolno obciążyć stronę, czy nie, może być trudna. Dotyczy to zwłaszcza pierwszej z wymienionych grup kosztów. Przy tej ocenie organ podatkowy musi uwzględnić przede wszystkim to, że możliwość obciążenia strony kosztami postępowania jest wyjątkiem od zasady, a wyjątki nigdy nie mogą być interpretowane rozszerzająco. Przyjmuje się, że nie jest prowadzone w interesie strony postępowanie zmierzające do nałożenia na nią obowiązku np. zapłaty podatku. Nie można też uznać, że w interesie strony ponoszone są np. koszty opinii biegłych, potrzebnej do starannego wyjaśnienia okoliczności sprawy. W myśl bowiem art. 187 ordynacji podatkowej na organie podatkowym ciąży obowiązek zebrania i rozpatrzenia w sposób wyczerpujący całego materiału dowodowego. Wszystkie więc czynności związane z przeprowadzeniem dowodów obciążają organ prowadzący postępowanie. Jednym z dowodów jest opinia biegłego.
Obowiązek ponoszenia pewnych kosztów postępowania nakładają na podatników niektóre przepisy. Przykładowo art. 14 ust. 3 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych i art. 19 ust. 4 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych pozwalają na obciążenie podatnika kosztami opinii biegłych. Chodzi o sytuację, gdy wskutek sporu co do wartości sprzedawanych dóbr, będącej podstawą obliczenia podatku, powstała konieczność powołania biegłego do ustalenia prawidłowej wyceny. Gdy wartość ustalona przez niego odbiega co najmniej o 33 proc. od podanej przez podatnika, koszty opinii ponosi właśnie on. Analogiczne rozwiązania przewidziano w ustawie o podatku od spadków i darowizn, gdy podatnik (np. spadkobierca) nie podał wartości nabytych dóbr, od której liczy się tę daninę, albo powstanie spór co jej wartości i dojdzie do powołania biegłego (art. 8 ust. 4 ustawy o podatku od spadków i darowizn). To samo dotyczy podstawy, od której ustala się podatek od czynności cywilnoprawnych (art. 6 ust. 4).
Rygorystycznie powinna być także interpretowana możliwość obciążenia strony kosztami powstałymi z jej winy. Jest to możliwe pod warunkiem udowodnienia, że tylko zawinione postępowanie np. podatnika czy płatnika było powodem poniesienia danego kosztu i gdyby nie to, taka konieczność by nie powstała. W art. 267 ordynacji przykładowo wymienia się koszty, którymi można obciążyć stronę, jako powstałymi z jej winy. Są to w szczególności koszty:
- o których mowa w art. 268 ordynacji,
- wynikłe z zatajenia lub nieprzedstawienia dowodów w wyznaczonym terminie,
- wynikłe ze złożenia wyjaśnień lub zeznań niezgodnych z prawdą.
Pierwsze dotyczą sytuacji, gdy strona, jej pełnomocnik, świadek lub biegły może być ukarany karą porządkową (do 2500 zł – art. 262 ordynacji). Co ważne, możliwość obciążenia kosztami jest w tym wypadku niejako warunkowana nałożeniem kary porządkowej. Jeśli tej kary nie zastosowano, to i obciążenie kosztami nie wchodzi w rachubę.
Na wskazane osoby można nałożyć karę, jeśli mimo prawidłowego wezwania organu podatkowego:
- nie stawiły się osobiście bez uzasadnionej przyczyny, mimo że były do tego zobowiązane, lub
- bezzasadnie odmówiły złożenia wyjaśnień, wydania opinii, okazania przedmiotu oględzin lub udziału w innej czynności, lub
- bez zezwolenia tego organu opuściły miejsce przeprowadzania czynności przed jej zakończeniem.
Jeśli wskutek niewykonania tych obowiązków dana osoba spowodowała dodatkowe koszty, można ją nimi obciążyć. Musi jednak istnieć związek przyczynowy między jej postępowaniem i powstaniem dodatkowych kosztów. Jeśli takie koszty spowodowało kilka osób, odpowiadają one solidarnie. Dla obciążenia nimi organ podatkowy musi wydać postanowienie, które można zakwestionować, składając zażalenie do organu wyższej instancji.
Jeśli organ podatkowy uzna, że daną osobę należy obciążyć kosztami postępowania, ustala je w postanowieniu. Tam określa ich wysokość oraz termin i sposób uiszczenia. Pstanowienie można kwestionować, wnosząc zażalenie (odrębne od ewentualnego odwołania od decyzji).
Ordynacja podatkowa (art. 270) upoważnia organ podatkowy do umorzenia w całości lub w części kosztów postępowania. Z wnioskiem w tej sprawie może wystąpić zarówno strona (podatnik), jak i np. obciążony nimi świadek czy biegły. Wchodzi to w rachubę „w przypadku stwierdzenia niemożności poniesienia ich przez obowiązanego”. Jest to decyzja uznaniowa. Nawet więc w razie stwierdzenia takiej sytuacji organ podatkowy może odmówić umorzenia.
W praktyce organy podatkowe przyjmują, że rozstrzygnięcie w sprawie wniosku o umorzenie ma formę decyzji, od której można się odwołać.
Jeśli nie dojdzie do umorzenia i jeśli obciążony kosztami sam ich dobrowolnie nie uiści, ordynacja nakazuje ściągnąć je przymusowo w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym. Oznacza to, że egzekwuje się je tak samo, jak zaległe i niezapłacone dobrowolnie podatki – przez komornika skarbowego, z dodatkowymi kosztami. Obowiązują w tym zakresie przepisy ustawy z 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (tekst jedn. DzU z 2005 r. nr 229, poz. 1954 ze zm.).
Koszty postępowania przedawniają się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku podatkowego, w którym zostało doręczone postanowienie o obciążeniu nimi.
Nie odprowadzamy już opłaty skarbowej od podań, która obciążała m.in. odwołania od decyzji i zażalenia na postanowienia wydane w toku postępowania podatkowego. Opłata skarbowa obciąża natomiast nadal zaświadczenia wydawane przez organy podatkowe na wniosek strony. Jej stawki ustalone są w załączniku nr 1 do ustawy z 16 listopada 2006 r. o opłacie skarbowej (DzU nr 225, poz. 1635 ze zm.). Tak więc np. od każdego egzemplarza zaświadczenia o niezaleganiu z podatkami albo o stanie zaległości wobec fiskusa płacimy 21 zł.
Tyle samo kosztuje zaświadczenie potwierdzające, że podatnik jest zarejestrowany jako podatnik VAT czynny lub zwolniony i zaświadczenie potwierdzające nadanie numeru identyfikacji podatkowej podmiotowi, który się nim posługuje.