Niestety, tak regulują to przepisy dwóch całkiem odrębnych ustaw: o podatku dochodowym i VAT.

Otrzymując zaliczkę, sprzedawca uzyskuje obrót podlegający VAT, zgodnie z art. 19 ust. 11 ustawy o VAT. W takiej sytuacji wystawia fakturę nie później niż siódmego dnia od dnia, w którym dostał zaliczkę (§ 14 ust. 1 rozporządzenia ministra finansów z 25 maja 2005 r., DzU z 2005 r. nr 95, poz. 798 ze zm.). Tak samo postępuje przy pobraniu każdej kolejnej zaliczki.

Oczywiście obowiązek wystawienia faktury nie wyznacza obowiązku podatkowego; ten drugi zawsze powstaje już z dniem pobrania zaliczki (jej wpływu na rachunek bankowy).

Natomiast w chwili otrzymania zaliczki sprzedawca nie wykazuje jej jeszcze jako przychodu dla celów podatku dochodowego, bo przychodem nie są pobrane wpłaty ani zarachowane należności na poczet dostaw towarów i usług, które zostaną wykonane w następnych okresach sprawozdawczych (art. 14 ust. 3 pkt 1 updof i art. 12 ust.4 pkt 1 updop).

Przychód powstanie u niego dopiero w dniu wydania rzeczy, nie później niż w dniu:

- wystawienia faktury albo

- uregulowania należności (całej, a nie zaliczki).

Analogicznie, przyszły kontrahent, który wpłacił zaliczkę, nie wliczy jej od razu do kosztów uzyskania przychodu. Wprawdzie taki zakaz nie wynika wprost z przepisów - jedyny odnoszący się do kosztów poniesionych w latach poprzedzających rok podatkowy art. 22 ust. 5 i 6 updof (art. 15 ust. 4 updop) nakazuje tylko potrącać koszty bezpośrednio związane z przychodami w tym roku podatkowym, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody. Należy jednak przyjąć, że nadal aktualne są wyjaśnienia Ministerstwa Finansów z 27 lutego 1995 r. (PO 3/IP-722-127/95), z których wynika, że:

- pobrane wpłaty na poczet dostaw towarów i usług nie stanowią przychodów,

- poniesione wydatki na poczet dostaw towarów i usług nie stanowią kosztów uzyskania przychodów,gdyż wydatki te nie wiążą się z osiągniętym przychodem. Podobne stanowisko prezentują organy podatkowe (patrz pisma: Urzędu Skarbowego w Płocku z 3 grudnia 2004 r., UPO-415/ PD/321/04/MP, Pierwszego Urzędu Skarbowego w Radomiu z 15 grudnia 2004 r., US24/1110/ 443/169/2004/IW, Urzędu Skarbowego w Legnicy z 4 maja 2005 r., US-PD-I/415/1/20/05). O księgowaniu zaliczki w księgach rachunkowych pisaliśmy w DF z 5 października 2006 r.