Jak przypomina w swoim artykule na łamach "Rzeczpospolitej" Przemysław Wojtasik, spółki komandytowe od 1 stycznia 2021 r. stały się podatnikami CIT (moment zmiany statusu spółki można było przesunąć na 1 maja). Oznacza to, że muszą płacić podatek od swoich dochodów. Wiąże się to też z odprowadzaniem daniny od zysku wspólników. W wielu spółkach jest on wypłacany w formie zaliczek w trakcie roku.
Fiskus twierdzi, że spółka komandytowa od zaliczki musi potrącić PIT i odprowadzić go do urzędu. Stoi też na stanowisku, że w trakcie roku nie można zastosować ulgi. Chodzi o przepis pozwalający na obniżenie (proporcjonalnie) podatku komplementariusza o CIT od dochodu spółki. Zdaniem skarbówki to obniżenie można zastosować dopiero po zakończeniu roku. Wtedy będzie znana wysokość CIT należnego od dochodu spółki.