Okazuje się, że przepisy prawa nie określają katalogu tych przedsięwzięć. Sądy administracyjne wyjaśniły, że ocena oddziaływania może dotyczyć nie tylko przedsięwzięć lokalizowanych na obszarze Natura 2000, ale także lokalizowanych poza tym obszarem, o ile mogą oddziaływać na ten obszar. Żaden więc inwestor nie może być spokojny, że w odniesieniu do jego inwestycji organ nie stwierdzi potrzeby przeprowadzenia oceny oddziaływania na Naturę 2000.
Każdy organ
Co więcej, w przeciwieństwie do potrzeby oceny oddziaływania na środowisko, którą stwierdza wyłącznie organ wydający decyzję o uwarunkowaniach środowiskowych, potrzebę oceny oddziaływania na Naturę 2000 może stwierdzić każdy organ. Przykładowo może nim być organ rozpatrujący zgłoszenia robót budowlanych. Jeżeli po otrzymaniu zgłoszenia stwierdzi potrzebę przeprowadzenia oceny oddziaływania na obszar Natura 2000, to wnosi sprzeciw i wymaga pozwolenia na budowę.
Sprzeciw wnoszony jest w drodze decyzji, co stwarza inwestorowi szansę kwestionowania go poprzez odwołanie do organu drugiej instancji, a następnie w skardze do sądu administracyjnego. Jeżeli w tym trybie inwestor nie doprowadzi do uchylenia sprzeciwu, to będzie musiał uzyskać pozwolenie na budowę. Dodatkowo straci jeszcze z tego powodu, że nie będzie to zwykła procedura. Organ nałoży na inwestora obowiązek przedłożenia dokumentów, w tym karty informacyjnej przedsięwzięcia, regionalnemu dyrektorowi ochrony środowiska.
Ocena oddziaływania może dotyczyć także przedsięwzięć poza obszarem Natura 2000
Po ich analizie regionalny dyrektor wydaje postanowienie stwierdzające obowiązek przeprowadzenia oceny oddziaływania na obszar Natura 2000, gdy inwestycja może znacząco oddziaływać na ten obszar. Przeprowadzenie oceny kończy się kolejnym postanowieniem uzgadniającym warunki realizacji przedsięwzięcia w zakresie dotyczącym Natury 2000. Pozwolenie na budowę wydaje się, uwzględniając te warunki.