Co trzeba zrobić jeśli nie da się tak łatwo przyporządkować wydatków do określonych kategorii działalności?
W zakresie, w jakim nie można wyodrębnić kwot podatku do czynności dających prawo do odliczenia i niedających takiego prawa, podatnik odlicza VAT według proporcji sprzedaży. Oblicza się ją porównując wartość wykonywanych przez niego czynności, które są obciążone VAT do tych, które podlegają regulacjom ustawy o VAT, ale są jednocześnie zwolnione z tego podatku.
Potwierdził to Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 24 października 2011 r. (I FPS 9/10). NSA przesądził, że czynności w ogóle niepodlegające VAT nie obniżają tej proporcji.
Do momentu wydania uchwały większość organów podatkowych twierdziła, że przy obliczaniu proporcji należy uwzględniać zarówno czynności zwolnione z VAT, jak i te, które w ogóle są wyłączone spod regulacji tego podatku. Wynik takiej proporcji, czyli ułamek VAT podlegający odliczeniu, był niższy niż ustalany zgodnie z uchwałą.
Stosowanie tej uchwały może być jednak problematyczne w odniesieniu do inwestycji w nieruchomości. Uchwała dotyczy zasad generalnych, opisanych w art. 86 ust. 1 oraz 90 ust. 1–3 ustawy o VAT.
Od początku 2011 r. odliczenie VAT związanego z inwestycją w nieruchomości jest uregulowane w art. 86 ust. 7b ustawy. Zgodnie tym przepisem, w przypadku nakładów ponoszonych na nabycie oraz wytworzenie nieruchomości stanowiącej majątek przedsiębiorstwa podatnika, wykorzystywanej zarówno do celów działalności gospodarczej, jak i innych celów, w tym do osobistych celów podatnika lub jego pracowników, których to nakładów nie da się w całości przypisać działalności gospodarczej, VAT odlicza się według udziału procentowego, w jakim nieruchomość wykorzystywana jest do celów firmowych.