Wątpliwości związane z tym, kto odpowie za niezapłacone podatki w przypadku spółki z o.o. w organizacji, wyjaśniła[b] Izba Skarbowa w Bydgoszczy w interpretacji z 26 czerwca 2008 r. (ITPB3/423-261/08/MT)[/b]. Spółka chciała ustanowić dwóch pełnomocników do wystawiania i podpisywania dokumentów finansowych. Zastanawiała się jednak, czy będą ponosili odpowiedzialność za jej zobowiązania podatkowe. Ponieważ byli oni pracownikami innej firmy, bała się też, że odpowiedzialność za te zobowiązania może ponosić ta spółka, w której pracują.
Wątpliwości te rozwiała jednak interpretacja Izby Skarbowej. Wynika z niej, że – co do zasady – za zobowiązania podatkowe odpowiada sam podatnik (w tym wypadku spółka z o.o.). Od zasady tej są jednak wyjątki, kiedy to odpowiedzialność ponoszą osoby trzecie. I tak w myśl art. 116 ordynacji podatkowej za zaległości podatkowe spółki z o.o., spółki z o.o. w organizacji, spółki akcyjnej lub spółki akcyjnej w organizacji odpowiadają solidarnie całym swoim majątkiem członkowie jej zarządu, jeżeli egzekucja z majątku spółki okazała się w całości lub w części bezskuteczna, a członek zarządu:
- nie wykazał, że we właściwym czasie zgłoszono wniosek o ogłoszenie upadłości lub wszczęto postępowanie zapobiegające ogłoszeniu upadłości (postępowanie układowe) albo że niezgłoszenie wniosku o ogłoszenie upadłości lub niewszczęcie postępowania zapobiegającego ogłoszeniu upadłości (postępowania układowego) nastąpiło bez jego winy;
- nie wskazuje mienia spółki, z którego egzekucja umożliwi zaspokojenie zaległości podatkowych spółki w znacznej części.
Odpowiedzialność ta dotyczy wyłącznie zaległości podatkowych z tytułu zobowiązań, które powstały w czasie pełnienia przez nich obowiązków członka zarządu.