Ze zjawiskiem podwójnego opodatkowania podatkiem dochodowym nie będziemy mieli do czynienia, jeśli zagraniczny przedsiębiorca zdecyduje się prowadzić działalność w Polsce w formie spółki osobowej. Wtedy zysk wypracowany przez spółkę będzie opodatkowany tylko u wspólników.
Oprócz spółek osobowych istnieje możliwość prowadzenia działalności za pośrednictwem oddziałów i przedstawicielstwa. Warto jednak pamiętać, że oddziały firm zagranicznych mogą prowadzić działalność jedynie w takim zakresie, w jakim wykonuje ją zagraniczny przedsiębiorca. Oddział ma obowiązek zarejestrowania się w urzędzie skarbowym i opłacania podatków od dochodów osiągniętych ze źródeł położonych w Polsce. Wszelkie koszty ponoszone przez zagranicznego przedsiębiorcę na rzecz oddziału mogą być potraktowane jako koszty podatkowe tego oddziału, przy założeniu że związane były z wykonywanymi przez oddział czynnościami i stanowią koszty uzyskania przychodu na podstawie ustaw podatkowych. Oddziałowi można również przypisać część kosztów administracyjnych i zarządu, ponoszonych przez zagraniczną jednostkę macierzystą. Na jednostce tej spoczywa jednak obowiązek wykazania, że dana kwota może rzeczywiście być alokowana do oddziału.
W ramach przedstawicielstwa można jedynie wykonywać działalność związaną z reklamą i promocją zagranicznego przedsiębiorcy. Przedstawicielstwo, jeżeli prowadzi działalność w tym zakresie, nie jest podatnikiem podatku dochodowego.
Dosyć duże różnice występują w zakresie opodatkowania VAT spółek kapitałowych i osobowych oraz oddziałów i przedstawicielstw.Spółki kapitałowe i osobowe są samodzielnymi podatnikami VAT. Muszą więc zgłosić w urzędzie skarbowym, że są czynnym podatnikiem tego podatku. Samodzielnymi podatnikami VAT nie są natomiast oddziały i przedstawicielstwa. Jeśli jednak oddział będzie wykonywał na terytorium Polski czynności opodatkowane VAT, konieczna będzie rejestracja na potrzeby tego podatku (dokonuje jej przedsiębiorca zagraniczny).
Co prawda w myśl orzecznictwa Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości (wyrok z 23 marca 2006 r., C-210/04) czynności przeprowadzone między zagranicznym przedsiębiorstwem a jego polskim oddziałem nie powinny podlegać VAT. Obowiązek w zakresie tego podatku mógłby powstać jedynie, gdyby stroną czynności była np. spółka zależna. Potwierdzają to też polskie organy podatkowe. Warto jednak pamiętać, że zgodnie z art. 11 ustawy o VAT przemieszczanie przez podatnika towarów należących do jego przedsiębiorstwa z terytorium innego kraju UE do Polski uznaje się za wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów. A to oznacza, że w kraju, z którego towary będą przemieszczane, spółka zagraniczna wykaże wewnątrzwspólnotową dostawę towarów. Ma to określone skutki w VAT.
Gdy przedsiębiorca zagraniczny będzie prowadził działalność w formie odrębnej spółki kapitałowej, zysk (dywidenda) będzie podlegać opodatkowaniu podatkiem dochodowym w momencie wypłaty. Opodatkowaniu u wspólnika podległ będzie również wypracowany zysk przez spółkę osobową. Neutralna podatkowo będzie natomiast wypłata zysku wypracowanego przez oddział zagranicznego przedsiębiorcy, utworzony i prowadzony na terytorium Polski przez tego przedsiębiorcę.