Na podstawie przepisów o.p., gdy w toku przeprowadzania postępowania kontrolnego nie dojdzie do wszczęcia kontroli podatkowej, organ kontroli podatkowej również sporządzi stosowny protokół z badania ksiąg. W ramach postępowania kontrolnego istnieje bowiem obowiązek sporządzania protokołów. Zgodnie z art. 172 § 1 o.p. należy sporządzić zwięzły protokół z każdej czynności postępowania mającej istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy, chyba że czynność została w inny sposób utrwalona na piśmie, przy czym zgodnie z 193 § 6 o.p., jeżeli organ stwierdzi, że księgi podatkowe są prowadzone nierzetelnie lub w sposób wadliwy, to w protokole z badania ksiąg określa, za jaki okres i w jakiej części nie uznaje ksiąg za dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów.