Na podstawie przepisów o.p., gdy w toku przeprowadzania postępowania kontrolnego nie dojdzie do wszczęcia kontroli podatkowej, organ kontroli podatkowej również sporządzi stosowny protokół z badania ksiąg. W ramach postępowania kontrolnego istnieje bowiem obowiązek sporządzania protokołów. Zgodnie z art. 172 § 1 o.p. należy sporządzić zwięzły protokół z każdej czynności postępowania mającej istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy, chyba że czynność została w inny sposób utrwalona na piśmie, przy czym zgodnie z 193 § 6 o.p., jeżeli organ stwierdzi, że księgi podatkowe są prowadzone nierzetelnie lub w sposób wadliwy, to w protokole z badania ksiąg określa, za jaki okres i w jakiej części nie uznaje ksiąg za dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów.
Protokół z badania ksiąg jest doręczany stronie. W ciągu 14 dni może ona wnieść zastrzeżenia do zawartych w nim ustaleń, przedstawiając jednocześnie dowody, które umożliwią organowi prawidłowe określenie podstawy opodatkowania (art. 193 § 8 o.p.).
Organy kontroli skarbowej, które przeprowadzają kontrolę podatkową, mogą jednak odstąpić od sporządzania odrębnego protokołu z badania ksiąg i zamieścić ustalenia w tym zakresie w protokole z kontroli. Jak za orzecznictwem wskazuje doktryna, wynika to wprost z art. 290 § 5 o.p., który odnosi się również do organów kontroli skarbowej na podstawie art. 31 u.k.s., wobec czego w takiej sytuacji nie ma konieczności sporządzania odrębnego protokołu z badania ksiąg podatkowych (Kandut Krzysztof (red.), Sędkowska Aleksandra (red.), „Ustawa o kontroli...", za: wyrok NSA z 11 lutego 2009 r., II FSK 526/08, oraz wyrok NSA z 14 lutego 2008 r., II FSK 433/07).
