Mechanizm ulgi badawczo–rozwojowej (ulga B+R) pozwala na podwójne odliczenie wydatków związanych z prowadzoną działalnością badawczo-rozwojową. W pierwszej kolejności podatnik odliczy koszty podatkowe na zasadach ogólnych. Następnie odliczy 100 proc. (lub nawet 150 proc., gdy posiada status centrum badawczo-rozwojowego) kosztów kwalifikowanych do ulgi. Oczywiście podstawowym warunkiem do skorzystania z ulgi jest prowadzenie działalności badawczo-rozwojowej oraz ponoszenie związanych z nią kosztów kwalifikowanych.
Jak przypomina na łamach „Rzeczpospolitej” Przemysław Wojtasik, przez wiele lat fiskus twierdził, że ulga B+R nie przysługuje na wynagrodzenia pracowników, których nie ma w pracy z powodu urlopu albo choroby. W jednej z interpretacji stwierdzono, że przepisy dają możliwość uznania za koszty kwalifikowane m.in. należności z tytułu wynagrodzeń pracownika, ale który osiąga wskazany cel, czyli wykonuje prace badawczo-rozwojowe. Istotne jest zatem, aby pracownik faktycznie wykonywał zadania badawczo-rozwojowe. Tymczasem jak zauważyli urzędnicy, gdy pracownik ich nie wykonuje, bo jest na zwolnieniu lekarskim czy na urlopie, to tę część wynagrodzenia oraz świadczeń, a także składek trzeba wyłączyć z ulgi.
Na innym stanowisku stały sądy, który podkreślają, że czas usprawiedliwionej nieobecności pracownika jest nierozerwalnie związany ze stosunkiem pracy. Wynagrodzeń za ten okres nie można więc wyłączać z kosztów kwalifikowanych.
Skarbówka po porażkach sądowych zmieniła zdanie. „Nie ma podstaw prawnych do wyłączenia z katalogu kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej należności poniesionych przez pracodawcę, stanowiących przychód pracownika realizującego działalność badawczo-rozwojową, a uzyskanych, gdy nie świadczy on pracy z powodu usprawiedliwionej nieobecności” – wskazano w interpretacji ogólnej nr DD8.8203.1.2021.
