Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z 28 listopada 2024 r. (sygn. 0112-KDIL1-2.4012.484.2024.2.AW) zajął istotne stanowisko w sprawie prawa do odliczenia VAT przez gminy realizujące inwestycje w zakresie infrastruktury kanalizacyjnej. Przedmiotem analizy była kwestia możliwości zastosowania alternatywnej metody określenia proporcji odliczenia podatku naliczonego, opartej na kryterium ilościowym.

Głównym zagadnieniem było ustalenie, czy gmina jako nabywca usług budowlanych związanych z budową sieci kanalizacyjnej ma prawo do odliczenia pełnej kwoty podatku naliczonego przy zastosowaniu własnej metody określenia proporcji, odmiennej od wskazanej w rozporządzeniu ministra finansów.

- Stosowanie metody ilościowej uzasadnione

Organy podatkowe uznały za prawidłowe stanowisko podatnika, przyznając gminie prawo do zastosowania alternatywnej metody określenia proporcji odliczenia VAT. W uzasadnieniu swojego stanowiska organ wskazał na szczególny charakter działalności wodno-kanalizacyjnej, która ma głównie charakter gospodarczy, a czynności niepodlegające VAT mają w jej przypadku marginalne znaczenie. W związku z tym standardowa metoda określona w rozporządzeniu nie odzwierciedla właściwie charakteru tej działalności.

Organ podatkowy podkreślił zasadność zastosowania metody ilościowej, która opiera się na obiektywnych i mierzalnych kryteriach, jakimi są ilość dostarczanej wody i odbieranych ścieków. Metoda ta zapewnia precyzyjne określenie proporcji między działalnością gospodarczą a pozostałą, wykorzystując rzeczywiste dane z urządzeń pomiarowych.

Podstawę prawną dla takiego stanowiska stanowi art. 86 ust. 2h ustawy o VAT, który umożliwia zastosowanie bardziej reprezentatywnej metody, przy czym musi ona spełniać kryteria określone w art. 86 ust. 2b ustawy. Stanowisko to znajduje również potwierdzenie w orzecznictwie NSA, które dopuszcza możliwość stosowania metod dedykowanych dla konkretnych rodzajów działalności.

- Przyjęte parametry muszą być mierzalne

W zakresie praktycznych implikacji organ potwierdził, że w przypadku gdy wyliczona proporcja przekracza 98% i kwota podatku niepodlegająca odliczeniu jest niższa niż 10 000 zł rocznie, podatnik może uznać, że proporcja wynosi 100%, i dokonać pełnego odliczenia podatku naliczonego.

Organ wskazał, że metoda ilościowa może być stosowana pod warunkiem, że obiektywnie odzwierciedla strukturę wykorzystania infrastruktury. Powinna być ona oparta na rzeczywistych, mierzalnych parametrach i musi zapewniać odliczenie podatku wyłącznie w części dotyczącej działalności gospodarczej.

Przedmiotowa interpretacja ma istotne znaczenie praktyczne dla jednostek samorządu terytorialnego realizujących inwestycje w zakresie gospodarki wodno-ściekowej. Potwierdza ona możliwość stosowania bardziej adekwatnych metod określania proporcji odliczenia VAT, co może przyczynić się do optymalizacji rozliczeń podatkowych gmin w tym obszarze.

- Interpretacja zgodna z orzecznictwem NSA

Stanowisko wyrażone w interpretacji wpisuje się w utrwaloną linię orzeczniczą Naczelnego Sądu Administracyjnego, która dopuszcza możliwość określania proporcji odliczenia w odniesieniu do konkretnego rodzaju działalności wykonywanej przez gminę, z uwzględnieniem jej specyfiki i charakteru dokonywanych nabyć. Szczególnie istotne znaczenie ma tu wyrok NSA z 26 czerwca 2018 r. (sygn. akt I FSK 219/18), w którym sąd podkreślił, że w przypadku działalności wodno-kanalizacyjnej mamy do czynienia z odwrotną proporcją czynności opodatkowanych w stosunku do niepodlegających VAT, co uzasadnia odstępstwo od standardowej metody określonej w rozporządzeniu wykonawczym.

W świetle tej interpretacji jednostki samorządu terytorialnego otrzymały jasne potwierdzenie możliwości stosowania alternatywnych metod obliczania prewspółczynnika VAT w obszarze gospodarki wodno-kanalizacyjnej, co powinno przyczynić się do usprawnienia procesów inwestycyjnych w tym zakresie oraz zapewnić bardziej adekwatne odzwierciedlenie rzeczywistego charakteru prowadzonej działalności w rozliczeniach podatkowych.