Choć na skutek decyzji Rady Polityki Pieniężnej stopa oprocentowania kredytu lombardowego została w lipcu bieżącego roku obniżona do poziomu 5,50 proc., odsetki w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych wciąż pozostają na wysokim poziomie i wynoszą aktualnie 13 proc. w skali roku. Prowadzone przez instytucje zarządzające postępowania administracyjne, których przedmiotem jest określenie kwoty dofinansowania podlegającej zwrotowi, trwają zwykle wiele miesięcy, a w przypadku spraw skomplikowanych, wymagających przesłuchania wielu świadków lub uzyskania opinii biegłych, mogą one ciągnąć się latami. W sytuacji, w której po tak długim czasie, konieczność zwrotu środków zostałaby potwierdzona w ostatecznej decyzji administracyjnej, kwota należności głównej podlegająca zwrotowi może wzrosnąć nawet dwukrotnie. Stosownie bowiem do art. 207 ust. 1 ustawy z 27 sierpnia 2009 r., w przypadku stwierdzenia nieprawidłowości, środki przeznaczone na realizację programów finansowanych z udziałem środków europejskich podlegają zwrotowi wraz z odsetkami w wysokości określonej jak dla zaległości podatkowych, liczonymi od dnia przekazania środków.