Organy dysponują coraz bardziej zaawansowanymi rozwiązaniami analitycznymi, dlatego nawet standardowe rozliczenia mogą wzbudzić ich zainteresowanie.
Ceny transferowe przestały być technicznym zagadnieniem podatkowym. Są kluczowym obszarem ryzyka podatkowego w grupach kapitałowych, z realnym wpływem na wynik finansowy i podatkowy, a przede wszystkim na odpowiedzialność członków zarządu. W przypadku kontroli organy nie ograniczają się już wyłącznie do sprawdzenia posiadania dokumentacji. Analizują modele biznesowe, łańcuchy wartości, funkcje pełnione przez poszczególne podmioty i – coraz częściej – ekonomiczną racjonalność całej struktury rozliczeń wewnątrzgrupowych. Niektóre typy transakcji wiążą się ze szczególnym ryzykiem.