Jedną z kategorii kosztów kwalifikowanych rozliczanych w ramach ulgi na działalność badawczo-rozwojową (dalej jako działalność B+R) są koszty wynagrodzeń pracowników poniesione w danym miesiącu oraz sfinansowane przez płatnika składki na ubezpieczenie społeczne z tytułu tych należności. Jak zaznacza ustawodawca w art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, należności z tytułu stosunku pracy będą kosztami kwalifikowanymi tylko w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu. I to właśnie sformułowanie dotyczące określenia odpowiedniej proporcji czasu przeznaczonego na działalność B+R stało się kwestią sporną między organami podatkowymi a sądami administracyjnymi. Istota sporu dotyczy rozstrzygnięcia czy pracodawca powinien wyłączyć z kosztów kwalifikowanych tę część wynagrodzenia, którą pracownik otrzymuje, gdy nie świadczy pracy z powodu urlopu, choroby lub też innej usprawiedliwionej nieobecności (m.in. sprawowania opieki z art. 188 kodeksu pracy, honorowego dawstwa krwi, badań, karmienia).