W badanej przez sąd administracyjny sprawie naczelnik urzędu skarbowego pięciokrotnie przedłużał termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego na należnym. Podatnik zaskarżył jedno z wydanych postanowień. Finalnie sprawa trafiła na wokandę Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, który uchylił zaskarżone postanowienie (wyrok z 30 października 2023 r., I SA/Kr 867/23).
Zgodnie z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT podstawowy termin zwrotu VAT wynosi 60 dni liczonych od dnia złożenia rozliczenia. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego badania, to naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia. Weryfikacji tej dokonuje się w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu podatku, to urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.