KSeF ma usprawnić komunikację między podatnikami a administracją podatkową. Rozwiązanie to ma być również kluczowym narzędziem w rękach fiskusa w zakresie prowadzenia kontroli. Dzięki niemu urzędnicy będą mogli sprawnie przeprowadzać kontrole, kontrole krzyżowe czy czynności sprawdzające, mając duże zasoby informacji o podatnikach, ich kontrahentach oraz zawieranych przez nich transakcjach. Docelowo system ma pełnić także rolę prewencyjną, zmniejszając odsetek oszustw podatkowych. Kompletność i klarowność zawartych tam informacji, jak i transparentność samego systemu, ukróci bowiem z pewnością wiele stosowanych dotychczas niezgodnych z prawem praktyk.