Przesłankami uznania wydatku za koszt uzyskania przychodu na gruncie ustawy o CIT jest spełnienie następujących warunków: poniesienie wydatku przez podatnika, definitywny charakter wydatku, poniesienie wydatku w celu uzyskania lub zachowania albo zabezpieczenia źródła przychodów. W art. 16 ust. 1 ustawy o CIT znajduje się natomiast katalog wydatków, których poniesienie, pomimo spełnienia wszystkich warunków, nie będzie kwalifikowane, jako koszt uzyskania przychodów.
Zgodnie z art. 15 ust. 6 ustawy o CIT kosztem uzyskania przychodów są odpisy z tytułu zużycia środków trwałych i wartości niematerialnych i prawnych dokonywane wyłącznie zgodnie z przepisami art. 16a-16m, z uwzględnieniem art. 16. Przepis ten stanowi zasadę od której wyjątek wprowadzają regulacje art. 16 ust. 1 pkt 48 ustawy o CIT, w myśl którego nie uważa się za koszty uzyskania przychodów odpisów z tytułu zużycia środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych dokonywanych według zasad określonych w art. 16a-16m, od tej części ich wartości, która odpowiada poniesionym wydatkom na nabycie lub wytworzenie we własnym zakresie tych środków lub wartości niematerialnych i prawnych, odliczonym od podstawy opodatkowania albo zwróconym w jakiejkolwiek formie. Celem powyższych unormowań jest zapewnienie, aby podatnik mógł dokonując odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych zmniejszać podstawę opodatkowania, o kwotę wydatków, które go rzeczywiście obciążają. Umożliwienie zaliczania do kosztów uzyskania przychodu dokonywanych odpisów amortyzacyjnych od środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych, w sytuacji gdy wydatki poniesione na wytworzenie lub zakup tych środków zostały podatnikowi zwrócone, powodowałoby powstanie nieuzasadnionej korzyści, w ten sposób, że podatnik zmniejszałby podstawę opodatkowania o wydatki, które nie stanowią dla niego ekonomicznego ciężaru. W ramach „zwrotu w jakiejkolwiek formie" należy również rozumieć także otrzymanie dofinansowanie ze środków unijnych.
Na tle powyższych uregulowań pojawił się pomiędzy organami kontroli skarbowej a spółką zależną miasta spór dotyczący możliwości zaliczania do kosztów uzyskania przychodów odpisów amortyzacyjnych dokonywanych przez spółkę od wybudowanej sieci wodnokanalizacyjnej, na wykonanie której miasto otrzymało dofinansowanie ze środków Funduszu Spójności. W sprawie miasto zleciło spółce zależnej wybudowanie sieci wodnokanalizacyjnej i dla celów sfinansowania tego przedsięwzięcia postawiło spółce do dyspozycji na wydzielonym rachunku środki pieniężne, które pochodziły z otrzymanej dotacji unijnej. Po zakończeniu inwestycji, wybudowane części sieci wodnokanalizacyjnej przeszły na własność spółki i zostały przez nią przyjęte, jako środek trwały, od którego spółka dokonywała odpisów amortyzacyjnych zmniejszając tym samym podstawę opodatkowania. Spółka była ponadto zobowiązana do zwrotu środków unijnych, które otrzymała od miasta i wykazywała otrzymane środki pieniężne jako zobowiązanie w pasywach. Miasto, natomiast, po tym jak spółka przyjęła sieć wodnokanalizacyjną na swoje środki trwałe, zobowiązało się, działając jako jedyny udziałowiec, do podwyższenia kapitału zakładowego w spółce o kwotę równą wartości przyjętych środków trwałych, jak również dokonało wniesienia aportem wierzytelności wobec spółki z tytułu wykorzystanych przez spółkę środków unijnych. W rezultacie doszło do wygaśnięcia zobowiązania spółki.
Zdaniem dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej Spółka na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 48 ustawy o CIT nie miała możliwości obniżenia podstawy opodatkowania poprzez odpisy amortyzacyjnych od przyjętej na środki trwałe sieci wodnokanalizacyjnej, ze względu na fakt, że nie poniosła ona ciężaru ekonomicznego wytworzenia środka trwałego, a działania podjęte przez miasto powinny zostać uznane za zwrot wydatku, dokonany w jakiejkolwiek formie. Przyjmując, że spółka nie mogła dokonanych odpisów amortyzacyjnych zaliczyć do kosztów uzyskania przychodu, dyrektor UKS określił w decyzji zobowiązanie podatkowe spółki.
Decyzja została przez spółkę zaskarżona do WSA w Łodzi, w uzasadnieniu do skargi na decyzję spółka argumentowała, że wytworzenie środka trwałego i podwyższenie kapitału zakładowego to dwa odrębne zdarzenia ekonomiczne. WSA w Łodzi w wyroku z 20 września 2013, I SA/Łd 529/13 przychylił się do argumentacji spółki uchylając decyzję dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej. Przyjęta przez spółkę interpretacja przepisów znalazła dalsze potwierdzenie w wyroku NSA z 23 marca 2016 r., II FSK 160/14, w którym oddalona została skarga kasacyjną dyrektora Izby Skarbowej. Sądy administracyjne przychyliły się do argumentacji spółki i uznały, że sfinansowanie budowy sieci kanalizacyjnej przez miasto i zobowiązanie się przez miasto do podwyższenia kapitału zakładowego w spółce zależnej stanowiły dwie odrębne transakcje, każda wywołująca swoje skutki podatkowe, nie zaś „zwrot wydatków w jakiejkolwiek formie", o którym jest mowa w art. 16 ust. 1 pkt 48 ustawy o CIT.
