Spółka jest producentem wyrobów cukierniczych. W związku z planowanym dalszym rozwojem działalności, w celu poprawienia jej efektywności, podjęła decyzję o przeprowadzeniu reorganizacji. Spółka zamierza skoncentrować posiadane obecnie prawa, w tym w szczególności zarejestrowane lub zgłoszone do rejestracji prawa do znaków towarowych i do wzorów użytkowych, w jednym podmiocie. Podatniczka planuje bowiem wnieść wkład w postaci praw własności przemysłowej do nowej spółki z ograniczoną odpowiedzialnością (nowa spółka), której będzie wspólnikiem. Składniki majątku, które zostaną przeniesione do nowej spółki, nie będą stanowiły zorganizowanej części przedsiębiorstwa, tylko aktywa. W akcie notarialnym dotyczącym wniesienia wkładu zostanie określone, że jego wartość będzie odpowiadać wartości netto (tzn. cenie pomniejszonej o VAT) praw własności przemysłowej. VAT zostanie rozliczony między stronami w gotówce.
Firma zapytała, czy zgodnie z art. 12 ust. 4 pkt 9 ustawy o CIT wykazany przez nią VAT na fakturze dokumentującej aport praw własności przemysłowej, zapłacony jej przez nową spółkę przelewem bankowym, będzie stanowił podatek należny. Chciała się też upewnić, czy otrzymana zapłata na pokrycie przez nią podatku nie będzie przychodem podatkowym.
Fiskus nie miał wątpliwości, że otrzymane przez podatniczkę od nowej spółki środki pieniężne stanowiące równowartość VAT należnego, wynikającego z odpowiedniej faktury VAT, będą przychodem dla wnoszącego aport – jako otrzymane pieniądze. W ocenie urzędników opisany sposób rozliczenia równowartości VAT określonej w fakturze potwierdzającej wniesienie aportu do nowej spółki potwierdza, że jej rozliczenie nie jest neutralne podatkowo w CIT.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uwzględnił skargę spółki, bo jego zdaniem fiskus niedostatecznie odniósł się do sprawy. To rozstrzygnięcie zakwestionował jednak NSA. Sąd kasacyjny zauważył, że istota problemu sprowadzała się do odpowiedzi na pytanie, czy VAT wykazany przez spółkę na fakturze dokumentującej aport praw własności przemysłowej, zapłacony przelewem bankowym przez podmiot otrzymujący aport nie będzie przychodem podatkowym. Zdaniem NSA nie można zarzucić organowi, jak to uczynił sąd I instancji, że zaskarżona interpretacja nie zawiera uzasadnienia prawnego. Co prawda, uzasadnienie zaskarżonej interpretacji nie jest szczególnie rozbudowane, ale ma wszystkie niezbędne elementy, w tym wyraża jednoznaczny i precyzyjny pogląd prawny organu w tej sprawie.
Jak podkreślił sąd kasacyjny, organ interpretacyjny nie ma obowiązku ustosunkowania się do wszystkich argumentów wnioskodawcy zawartych we wniosku o wydanie interpretacji. Do uprawnień organu należy wybór argumentów, które jego zdaniem będą wystarczające dla oceny merytorycznej problemu podatkowego objętego wnioskiem o wydanie interpretacji. Wynikający z art. 14c § 1 ordynacji podatkowej obowiązek przedstawienia oceny stanowiska wnioskodawcy wraz z jej uzasadnieniem prawnym nie oznacza konieczności oceniania innych interpretacji oraz orzeczeń sądów administracyjnych przywołanych przez zainteresowanego dla wzmocnienia prezentowanej przez niego argumentacji. NSA uznał, że zaskarżona interpretacja indywidualna jest kompletna. Dlatego WSA powinien ocenić ją merytorycznie, a nie ją uchylać, domagając się dodatkowych argumentów prawnych.