Fiskus zarzucił spółce, że w rozliczeniu za 2010 r. spółka zawyżyła koszty uzyskania przychodów o wydatki sfinansowane z dotacji. W trakcie kontroli ustalono, że w marcu 2010 r. firma zawarła z Polską Agencją Rozwoju Przedsiębiorczości umowę o dofinansowanie realizacji projektu. Spółka poniosła wydatki na środki trwałe oraz wartości niematerialne i prawne i zaliczyła do kosztów podatkowych odpisy amortyzacyjne od nich. Pozostałe wydatki w kwocie 130 tys. zł ujęła bezpośrednio w kosztach uzyskania przychodów 2010 r. Z wydatków tych w 2011 r. zrefundowano 80 tys. zł.
Urzędnicy stwierdzili, że otrzymane środki korzystają ze zwolnienia (art. 17 ust. 1 pkt 48 oraz art. 17 ust. 1 pkt 52 ustawy o CIT). A skoro tak, to jeśli wydatki zostały poniesione w 2010 r., a kwotę dofinansowania stanowiącą ich refundację uzyskano w 2011 r., to konieczne jest skorygowanie kosztów uzyskania przychodów w 2010 r. Oznacza to również konieczność korekty złożonych zeznań podatkowych. Zdaniem fiskusa wydatki podlegające w 2011 r. refundacji, zarówno stanowiące koszty bezpośrednie, jak i rozliczone poprzez odpisy amortyzacyjne, nie są kosztami 2010 r.
Spółka zaskarżyła decyzję. Tłumaczyła, że nie można wymagać od podatnika, aby korygował koszty wstecz, gdy były one ustalone w prawidłowej wysokości na podstawie prawidłowo rozliczonych odpisów amortyzacyjnych. Wyłączenie wydatków objętych dofinansowaniem z kosztów podatkowych powinno nastąpić w miesiącu otrzymania dofinansowania.
WSA w Poznaniu uwzględnił skargę firmy. Podkreślił, że skarżąca była uprawniona do rozliczania odpisów amortyzacyjnych oraz zaliczania spornych wydatków do kosztów w momencie ich ponoszenia, tj. w 2010 r. Potwierdził też, że w dacie otrzymania dotacji konieczna jest korekta o taką część dotychczasowych odpisów amortyzacyjnych, jaka odpowiada udziałowi dotacji w wartości początkowej środka trwałego. Jednak korektę tę należy zrobić w miesiącu otrzymania środków.
Ostatecznie stanowisko korzystne dla podatniczki potwierdził NSA. Oddalając skargę kasacyjną fiskusa, NSA nie miał wątpliwości, że korekta powinna obejmować okres rozliczeniowy, w którym spółka otrzymała dopłatę.