Ustawa z 2 lipca 2004 r. ?o swobodzie działalności gospodarczej wprowadziła przywileje dla przedsiębiorców polegające na ograniczeniach co do możliwości jednoczesnego przeprowadzania kilku kontroli. Określiła także limity czasowe takich kontroli (art. 83 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej). Jednocześnie w ustawie tej przewidziano pewne odstępstwa od przyjętej w niej zasady ochrony przedsiębiorcy. Polegają one między innymi na wyłączeniu stosowania ograniczeń odnoszących się do czasu trwania kontroli wobec działalności przedsiębiorców ?w zakresie objętym konkretnymi przepisami, enumeratywnie wymienionymi w tej ustawie. I tutaj pojawia się pytanie, czy każde działanie organu kontroli określone mianem „kontrola" podlega limitowaniu co do możliwego czasu jego trwania. Czy jest tak w przypadku popularnej kontroli skarbowej?
Kontrola skarbowa, zwana również postępowaniem kontrolnym, prowadzona jest ?na podstawie ustawy z 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej. Wszczyna się ją, doręczając kontrolowanemu postanowienie o wszczęciu postępowania kontrolnego. Jednocześnie w ramach prowadzonego postępowania kontrolnego organ kontroli skarbowej może przeprowadzić kontrolę podatkową. Ustawa o kontroli skarbowej ?w zakresie w niej nieuregulowanym zawiera odesłania ?do ordynacji podatkowej. Oznacza to, że prowadzona ?w ramach postępowania kontrolnego kontrola podatkowa kończy się doręczeniem protokołu z kontroli (podatkowej), podczas gdy postępowanie kontrolne trwa. Samo postępowanie kontrolne kończy się wydaniem decyzji albo wyniku kontroli (art. 24 ustawy o kontroli skarbowej).
Odpowiedzi na postawione pytanie co do możliwości stosowania limitów czasu trwania kontroli w stosunku do kontroli skarbowej (postępowania kontrolnego) należy poszukiwać w definicji samego pojęcia „postępowanie kontrolne". ?I tak, na podstawie art. 31 ?ust. 2 ustawy o kontroli skarbowej, zastosowane w tej ustawie określenie „postępowanie kontrolne" oznacza postępowanie podatkowe w rozumieniu ustawy – Ordynacja podatkowa. Z kolei określenie „kontrola podatkowa" oznacza kontrolę, o której mowa ?w dziale VI ordynacji podatkowej.
Art. 83 ust. 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, wprowadzający limity czasu trwania kontroli, wprowadza też ograniczenia w zakresie możliwości przeprowadzenia u przedsiębiorcy stricte kontroli. Literalna, a zarazem jednoznaczna, treść tego przepisu nie daje przy tym podstaw do traktowania go w sposób rozszerzający i objęcia jego zakresem również postępowania podatkowego. Omawiany przepis ustawy o swobodzie działalności gospodarczej precyzyjnie wskazuje na prowadzone u przedsiębiorcy kontrole, nie wymieniając przy tym postępowania podatkowego, które jest uregulowane innymi przepisami ordynacji podatkowej, do której stosowania odwołuje się ustawa ?o swobodzie działalności gospodarczej. Zaprezentowane rozumienie art. 83 ust. 1 ustawy ?o swobodzie działalności gospodarczej potwierdza również orzecznictwo sądów administracyjnych, np. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie z 27 stycznia 2010 r. (I SA/Ol 737/ 2009).
Czas trwania kontroli podatkowej jest ograniczony przez art. 284b ordynacji podatkowej. Przepis ten stanowi, że kontrola podatkowa powinna zostać zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie wskazanym w upoważnieniu do przeprowadzenia kontroli.
