Za spór z fiskusem trzeba zapłacić, i to już w momencie wnoszenia skargi do wojewódzkiego sądu administracyjnego. W zależności od tego, co jest przedmiotem sporu uiszcza się wpis stały (od 100 zł do 10 tys. zł) lub wpis stosunkowy (nalicza się go od wysokości należności pieniężnej objętej zaskarżonym aktem).
Na tym etapie podatnik nie ma pewności, czy to jemu sąd przyzna rację. Tymczasem możliwość odzyskania – jeśli nie w całości, to przynajmniej w części – poniesionych wydatków ma jedynie wtedy, gdy wygra.
Zasady ponoszenia kosztów reguluje prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Gdy sąd pierwszej instancji (wojewódzki sąd administracyjny) uwzględni skargę podatnika, przysługuje mu od organu podatkowego zwrot wszystkich kosztów postępowania niezbędnych do celowego dochodzenia praw. Zalicza się do nich: opłaty sądowe, koszty przejazdów do sądu podatnika lub jego pełnomocnika (który nie jest adwokatem lub radcą prawnym) oraz równowartość zarobku utraconego wskutek stawiennictwa w sądzie.
Jeśli podatnik w postępowaniu przed sądem reprezentowany był przez adwokata lub radcę prawnego, do niezbędnych kosztów zalicza się ponadto ich wynagrodzenie (ale tylko do określonej kwoty – nie może być ono wyższe niż stawki określone w rozporządzeniach ministra sprawiedliwości ustalające ich minimalną wysokość) oraz wydatki jednego adwokata lub radcy prawnego. Zasady te stosuje się odpowiednio do strony reprezentowanej przez doradcę podatkowego.
Gdy w pierwszej instancji (czyli przed wojewódzkim sądem administracyjnym) podatnik przegra sprawę, traci wpis, ale nie musi zwracać stronie przeciwnej poniesionych kosztów. To dlatego, że w tej fazie sprawy sąd może ściągnąć koszty postępowania tylko od organu podatkowego. Gorzej, gdy sprawa przybierze dla przedsiębiorcy niekorzystny obrót przed Naczelnym Sądem Administracyjnym (i nie ma znaczenia, kto wniósł skargę kasacyjną – podatnik czy urząd). Na tym etapie obowiązuje zasada orzekania o zwrocie kosztów przez obie strony – czyli i podatnika, i urząd.
Naczelny Sąd Administracyjny przyzna przedsiębiorcy zwrot kosztów, gdy to on wniósł skargę kasacyjną i wygrał, a także gdy wyrok sądu pierwszej instancji (czyli wojewódzkiego sądu administracyjnego) uwzględniający jego skargę zakwestionował fiskus i przegrał. W odwrotnej sytuacji, czyli gdy to fiskus wniósł skargę kasacyjną i wygrał, koszty poniesie podatnik. Podobnie jest, gdy wniesie on skargę i przegra.
Ponadto sąd może nałożyć na podatnika obowiązek zwrotu kosztów – w całości lub w części – i to niezależnie od wyników sprawy, jeśli zostały one spowodowane jego niesumiennym lub oczywiście niewłaściwym postępowaniem.
W razie częściowego uwzględnienia skargi sąd może w uzasadnionych przypadkach zasądzić na rzecz skarżącego od organu tylko część kosztów. Zwłaszcza jeśli skarga została uwzględniona w części niewspółmiernej do wartości przedmiotu sporu ustalonej w celu pobrania wpisu.
Na zwrot poniesionych kosztów można liczyć, pod warunkiem, że się o to wystąpi do sądu. Podatnik traci to uprawnienie, jeżeli najpóźniej przed zamknięciem rozprawy bezpośrednio poprzedzającej wydanie orzeczenia nie zgłosi wniosku o przyznanie należnych kosztów. Gdy działa on bez adwokata lub radcy prawnego, sąd powinien pouczyć go o skutkach niezgłoszenia wniosku we wspomnianym terminie.
