Tak orzekł WSA w Rzeszowie w wyroku z 25 kwietnia 2013 r. (I SA/Rz 254/13).
Sprawa dotyczyła wniosku podatnika o zwrot nadpłaty w VAT za grudzień 2004 r. W 2007 r. została przeprowadzona w spółce kontrola skarbowa, w wyniku której organ zakwestionował prawo spółki do odliczenia VAT naliczonego z faktur dokumentujących nabycie środków trwałych, które zostały przez spółkę wniesione aportem do innego podmiotu. Po otrzymaniu protokołu kontroli spółka skorzystała z przysługującego jej uprawnienia i złożyła korektę deklaracji VAT za okres objęty postępowaniem kontrolnym, tj. za grudzień 2004 r. i styczeń 2005 r. Spółka uregulowała powstałą zaległość podatkową wraz z odsetkami za zwłokę.
Następnie w 2010 r. Spółka złożyła ponowną korektę deklaracji VAT-7 za grudzień 2004 r., twierdząc, że zgodnie z obowiązującymi przepisami była uprawniona do odliczenia podatku naliczonego związanego z nabyciem środków trwałych, które stały się następnie przedmiotem aportu. Organ – po przeprowadzeniu postępowania nadpłatowego – dokonał zwrotu podatku nienależnie zapłaconego przez spółkę, jednak zakwestionował zasadność zwrotu odsetek z tytułu nieterminowej zapłaty podatku. Uznał bowiem, że na skutek złożonych przez spółkę korekt deklaracji nie wystąpiła nadpłata z tytułu odsetek za zwłokę. Spółka odwołała się, ale kwestionowana decyzja została utrzymana w mocy przez organ II instancji.
Na skutek skargi wniesionej przez spółkę do WSA decyzja izby skarbowej została jednak uchylona. W wydanym wyroku sąd wskazał, że podatnik ubiegający się o zwrot nadpłaty jest zobowiązany do złożenia korekty deklaracji podatkowej tylko wówczas, gdy obowiązek zapłaty podatku (prawnie nieistniejący) w całości lub w części wynikał z deklaracji. W sytuacji natomiast, gdy kwota zapłacona nie wynika z danej deklaracji, złożenie jej nie będzie miało wpływu na możliwość dochodzenia nadpłaty.
W tej sprawie część nadpłaty dotycząca odsetek nie wynikała z deklaracji podatkowej, ale z faktu pobrania tych należności przez urząd skarbowy poprzez odpowiednie rozliczenie na wniosek spółki zwrotu VAT za późniejsze miesiące. Tym samym WSA orzekł, że w analizowanej sprawie niezłożenie przez spółkę korekty deklaracji podatkowej nie mogło skutkować odmową zwrotu nadpłaty w tej części, w której składają się na nią zapłacone odsetki. Odsetki te z mocy prawa stanowiły bowiem nadpłatę.
— Ewa Taszakowska współpracowniczka Zespołu Zarządzania Wiedzą Podatkową firmy Deloitte

Anna Wrześniewska doradca podatkowy, starszy konsultant w Deloitte Doradztwo Podatkowe Sp. z o.o. (biuro w Warszawie)
Anna Wrześniewska doradca podatkowy, starszy konsultant w Deloitte Doradztwo Podatkowe Sp. z o.o. (biuro w Warszawie)
Komentowany wyrok dotyczy bardzo interesującej kwestii proceduralnej, tj. statusu na gruncie prawa podatkowego odsetek za zwłokę uiszczonych wraz z wpłatą zaległości podatkowej.
Na wstępie należy zauważyć, że zgodnie z art. 72 § 2 ordynacji podatkowej (dalej: o.p.), jeżeli wpłata dotyczyła zaległości podatkowej, to na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę. Wydaje się, że przywołaną powyżej regulację można uznać za przepis zbędny (ius superfluum), ponieważ brak zawarcia tej normy w art. 72 o.p. nie miałby żadnego wpływu na jego wykładnię.
Odmowa przyznania odsetkom za zwłokę uiszczonym wraz z wpłatą zaległości podatkowej statusu „nadpłaty" ograniczałaby bowiem możliwość ich zwrotu na rzecz podatnika, w przypadku gdyby ta wpłata okazała się nienależna lub uiszczona w nadmiernej wysokości. Nie ulega zaś wątpliwości, że zgodnie z art. 72 § 1 pkt 1 o.p. za nadpłatę należy uznać całą kwotę, którą podatnik nadpłacił lub wpłacił nienależnie. Z dniem zaś powstania nadpłaty nie jest już istotny sposób zarachowania przez organ podatkowy dokonanej przez podatnika wpłaty odpowiednio na poczet zaległości podatkowej i na poczet odsetek za zwłokę.
W tym miejscu warto przypomnieć, że art. 72 § 2 o.p. (pierwotnie art. 72 § 3) został wprowadzony przez ustawodawcę 5 czerwca 2001 r. Było to uzasadnione tym, że „(...) niezbędne jest jednoznaczne rozstrzygnięcie wątpliwości w przedmiocie uznania za część nadpłaty (podlegającą oprocentowaniu) również odsetek za zwłokę zapłaconych wraz z nienależną zaległością podatkową. Odsetki za zwłokę dzielą byt prawny zaległości podatkowej, zatem jeżeli ta okazuje się być nienależną, to logiczną konsekwencją jest również uznanie za nadpłaconą tę część wpłaty, którą organ podatkowy obligatoryjnie zarachował w momencie dokonywania wpłaty na poczet odsetek za zwłokę" (Druk nr 2220 z 18 września 2000 r.).
Wprowadzenie tego przepisu było odpowiedzią ustawodawcy na negatywną praktykę organów podatkowych stosowaną przy zwracaniu podatnikom nienależnie zapłaconych podatków. Mianowicie organy podatkowe odmawiały zwrotu oprocentowania od nienależnych kwot odsetek za zwłokę, twierdząc, że odsetki te nie są nadpłatą.
W analizowanej sprawie, WSA słusznie potwierdził natomiast, że po uchyleniu decyzji podatkowej, dokonana przez podatnika wpłata nie jest już zaległością podatkową ani kwotą odsetek za zwłokę. Cała ta wpłata staje się z mocy prawa kwotą wpłaconą nienależnie lub nadpłaconą (podlegającą zwrotowi wraz z oprocentowaniem) i jest ona świadczeniem jednorodnym (tj. nie można już tej kwoty dalej rozdzielać na zaległość główną i odsetki).