Naczelny Sąd Administracyjny uwzględnił skargę kasacyjną Gorzowa, który spierał się z fiskusem o wysokość przysługującego mu odliczenia VAT. Sąd uznał, że organy podatkowe nie mogą dowolnie ustalać proporcji, która ma znaczenie dla odzyskania VAT przez gminę.
Wszystko zaczęło się od tego, że miasto złożyło korektę deklaracji VAT-7 za grudzień 2005 r. wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty. Wzięła się ona stąd, że jednostka wcześniej nie rozbijała swoich czynności na te, od których przysługuje odliczenie, i te, które takiego prawa nie dają. Od momentu rejestracji jako podatnik VAT gmina nie odzyskiwała też VAT.
Odliczenia proporcjonalnego VAT dokonuje się na podstawie obrotu
Fiskus przyjrzał się korekcie, ale całej nadpłaty w kwocie wykazanej w deklaracji oddać nie chciał. Zauważył, że urząd miasta jest specyficznym podatnikiem. Organy władzy publicznej oraz urzędy je obsługujące na gruncie VAT występują w dwojakim charakterze. W zakresie zadań realizowanych w reżimie publicznym nie mają statusu podatnika VAT. W tym charakterze występują wówczas, gdy wykonują czynności na podstawie umów cywilnoprawnych.
Ten dualizm powoduje, że gmina musi wyodrębniać VAT w podziale na czynności, co do których jest podatnikiem (te, które dają prawo do odliczenia), oraz na te, w których nie działa jako podatnik VAT. Ponieważ Gorzów takiej kalkulacji nie prowadził, i obliczenia podatku naliczonego dokonał od całej swojej działalności, fiskus musiał ograniczyć zwrot podatku. Żeby ustalić proporcję konieczną do wyliczenia odliczenia (art. 90 ustawy o VAT), posłużył się strukturą organizacyjną urzędu oraz istniejącymi w niej wydziałami z uwzględnieniem pracujących tam osób. Wyliczył, że osoby wykonujące czynności podlegające opodatkowaniu VAT stanowią 29,77 proc. ogółu obsady urzędu. A skoro nie można przyporządkować danego wydatku odpowiedniemu wydziałowi, to na potrzeby VAT podatek naliczony wykazany na fakturach miasto może odliczać w wysokości 29,77 proc. W konsekwencji odliczenie do zwrotu istotnie stopniało.