Zaprzestanie prowadzenia działalności gospodarczej z założenia oznacza, że przedsiębiorca nie wykonuje już czynności opodatkowanych VAT. To zaś prowadzi do prostego wniosku, że ponoszone później wydatki nie dają co do zasady prawa do odliczenia podatku naliczonego. Zdarza się jednak, iż mimo stricte zaprzestania sprzedaży towaru czy świadczenia usług przedsiębiorca wciąż ponosi koszty związane z procesem likwidacji lub takie, które wynikają z długoterminowych zobowiązań.
Może to być przykładowo czynsz najmu lokalu, gdy umowa najmu wygasa dopiero kilka miesięcy od zaprzestania działalności. Innym przykładem jest wynagrodzenie płacone kancelarii adwokackiej, reprezentującej podatnika w sądzie, czy też firmie windykacyjnej, która dochodzi w imieniu podatnika zaległości za sprzedany towar. Pojawia się wówczas wątpliwość, czy mimo braku sprzedaży istnieje możliwość odliczenia podatku naliczonego. Stosownie do brzmienia przepisu art. 86 ust. 1 ustawy o VAT w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Jest to jego podstawowe prawo, wynikające z samej konstrukcji VAT jako podatku od wartości dodanej, zapewniające neutralność tej daniny.
W tym miejscu warto przywołać orzeczenie ETS w sprawie C-32/03, I/S Fini H v. Skatteministeriet. Trybunał wskazał, że: „za podatnika należy uznać podmiot, który – w trakcie prowadzenia działalności – związał się długotrwałą umową najmu bez możliwości jej wcześniejszego skrócenia. Mimo że nie prowadził już faktycznej działalności, nadal pozostawał w stosunku najmu i dokonywał płatności czynszowych.
W związku z takim ukształtowaniem jego sytuacji należy uznać, iż nadal prowadzi działalność gospodarczą". Ponadto ETS podkreślił, że: „dla odliczenia podatku naliczonego konieczny jest bezpośredni związek pomiędzy określonymi zakupami oraz czynnościami opodatkowanymi lub innymi czynnościami związanymi z prawem do odliczenia".
W tej sytuacji przedsiębiorcy mają prawo do odliczenia VAT, gdyż obowiązek ponoszenia kosztów jest konsekwencją prowadzonej działalności gospodarczej.
