To drugie dotyczy go o ile skorzystał z prawa do odliczenia VAT z nieuregulowanej faktury.
Na spłatę ma 14 dni od dnia otrzymania zawiadomienia. Jeśli nie zapłaci, ma obowiązek pomniejszyć VAT naliczony o kwotę podatku wynikającą z nieuregulowanych faktur. I to nie w bieżącym rozliczeniu, a poprzez korektę deklaracji za okres, w którym dokonał odliczenia (art. 89b ust. 1 ustawy o VAT), co może skutkować koniecznością zapłaty odsetek od zaległości podatkowej.
W razie częściowego uregulowania należności przed upływem wskazanego terminu korekta będzie dotyczyć jedynie podatku przypadającego na nieuregulowaną część należności. Późniejsza spłata długu (w całości lub w części) po upływie 14 dni uprawnia do odpowiedniego zwiększenia VAT naliczonego w deklaracji za okres, w którym należność została uregulowana.
Przed obowiązkiem korekty nie chroni to, że dłużnik jest objęty postępowaniem układowym lub likwidacyjnym. Powołanie się na regulacje prawa upadłościowego niewiele daje.
Organy podatkowe i sądy zgodnie twierdzą bowiem, że przepisy te nie zwalniają podatnika z obowiązków nałożonych przez ustawę o VAT (zob. interpretacje izb skarbowych: w Katowicach z 27 września 2010 r., IBPP2/443-545/10/ICz, w Bydgoszczy z 13 maja 2011 r., ITPP1/443-283/11/DM, wyroki WSA: w Gliwicach z 26 października 2010 r., III SA/Gl 1257/ 10, w Lublinie z 1 kwietnia 2011 r., I SA/Lu 895/ 10).
Obowiązek skorygowania deklaracji spoczywa wówczas na syndyku (tak interpretacja Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 20 czerwca 2011 r., ITPP1/443-496a/10/11-S/MN). Oczywiście dłużnik nie ma obowiązku korekty, jeżeli przestał był czynnym podatnikiem VAT.