Przepisy ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych w zakresie kwalifikowania kosztów uzyskania przychodów do kosztów bezpośrednio lub pośrednio związanych z działalnością gospodarczą są niejasne i budzą kontrowersje. Sytuacji podatników nie polepsza brak definicji kosztów i ich bezpośredniego związku z przychodami.
Co roku dylematy z tego powodu ma wielu przedsiębiorców. Zwłaszcza gdy chcą ustalić, czy wymóg bezpośredniego związku z przychodem spełnia koszt, który jest liczony jako określona wartość przychodu, lub koszt, przy którym co prawda możemy wskazać przychód z nim związany, ale koszt ten nie warunkuje w żaden sposób osiągnięcia tego przychodu, a jego poniesienie nie wpływa w żaden sposób na wysokość tego przychodu.
Wątpliwości mają też deweloperzy. Dotyczą one kwalifikacji kosztów, np. podatku od nieruchomości lub użytkowania wieczystego, związanych z placem budowy (czytaj: Kiedy wydatki dewelopera zmniejszają jego przychody i Deweloperzy łatwiej rozliczą wszystkie koszty).
Potraktowanie wydatku jako kosztu bezpośrednio związanego z przychodami dla przedsiębiorcy oznaczałoby często konieczność rozliczenia go w roku, w którym powstał przychód, chyba że data poniesienia tego kosztu następuje po dacie sporządzenia sprawozdania finansowego lub terminie złożenia zeznania. Wtedy koszt podlega rozliczeniu w kolejnym roku podatkowym. Pozostałe koszty są natomiast potrącalne w dacie ich poniesienia.
Dodatkowo dla określenia momentu zaliczenia wydatku do kosztów podatkowych konieczne jest określenie tzw. daty poniesienia. Wątpliwości powstają na tle ust. 4e w art. 15 ustawy o CIT. Chodzi mianowicie o to, czy koszt ujęty w księgach danego okresu na podstawie faktury (rachunku) otrzymanej w kolejnym okresie jest poniesiony w danym okresie czy też dopiero w chwili otrzymania faktury.
