Dodatkowym mankamentem tego środka jest bardzo krótki, trzydniowy, termin na jego wniesienie, który jest liczony od dnia wszczęcia kontroli. W praktyce powoduje to, że wniesienie sprzeciwu jest możliwe w sytuacji, gdy naruszenie przepisów nastąpiło przy lub zaraz po rozpoczęciu kontroli podatkowej. Jedynym wyjątkiem od tej zasady jest przekroczenie przez kontrolujących rocznego limitu czasu kontroli. Wówczas bieg terminu rozpoczyna się w dniu, w którym nastąpiło przekroczenie tego limitu.
[srodtytul]Nie wszystko będzie dowodem[/srodtytul]
Mimo że wniesienie sprzeciwu nie zawsze będzie dopuszczalne, nie jest to jedyny środek ochrony interesów kontrolowanych przedsiębiorców. Niezmiernie istotne (szczególnie w przypadku późniejszego wszczęcia postępowania podatkowego) są restrykcje dotyczące możliwości wykorzystania przez fiskusa dowodów zgromadzonych przez kontrolujących wbrew przepisom prawa.
Zgodnie bowiem z regulacjami [link=http://www.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?n=1&id=345827]ustawy o swobodzie działalności gospodarczej[/link], jeżeli w toku kontroli urzędnicy naruszyli przepisy prawa przy przeprowadzaniu dowodów, uzyskane w ten sposób materiały – jeżeli miały istotny wpływ na wynik kontroli – nie mogą być wykorzystane w żadnym postępowaniu administracyjnym, podatkowym, karnym lub karnym skarbowym dotyczącym kontrolowanego przedsiębiorcy.
Z kolei na mocy przepisów ordynacji podatkowej nie mogą stanowić dowodu w postępowaniu podatkowym te dokumenty, które zostały uzyskane po upływie terminu kontroli wskazanym w upoważnieniu do jej przeprowadzenia, chyba że wcześniej organ wskazał nowy termin zakończenia kontroli.