W efekcie od każdego z nich odrębnie jest pobierana zaliczka na podatek. Zaliczka od wynagrodzenia ze stosunku pracy jest pobierana w wysokości 18 proc., a gdy dochód menedżera liczony od początku roku przekroczy kwotę 85 528 zł – w wysokości 32 proc. (zgodnie z art. 32 ust. 1 [link=http://aktyprawne.rp.pl/aktyprawne/akty/akt.spr?id=80474]ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych[/link]).
Natomiast od dochodów z kontraktu spółka jako płatnik pobiera zaliczkę w wysokości 18 proc. (zgodnie z art. 41 ust. 1 updof).
Odrębnie od każdego z tych przychodów naliczane są też koszty uzyskania przychodu (tak[b] Urząd Skarbowy w Tychach w piśmie z 3 marca 2006 r., US.PD/pł/415/T-5/3/06[/b]), choć w obu sytuacjach są to koszty zryczałtowane.
Natomiast kwota zmniejszająca zaliczkę na podatek jest uwzględniana tylko przy obliczaniu zaliczki na podatek od dochodów z pracy.
[srodtytul]Danina na ZUS[/srodtytul]
Inaczej jest ze składkami. Jeżeli spółka podpisze z własnym pracownikiem kontrakt menedżerski na pełnienie obowiązków członka zarządu, to mamy do czynienia ze zleceniem zawartym z własnym pracodawcą. Taka umowa jest traktowana dla celów ubezpieczeń jako przychód z umowy o pracę.
Dzięki temu również należności, które – z racji zlecenia – byłyby oskładkowane (np. zwrot kosztów podróży służbowej), będą wyłączone z podstawy wymiaru składek, jeżeli zlecenie było zawarte z własnym pracownikiem (patrz przykład).
W efekcie składki na ubezpieczenia społeczne i ubezpieczenie zdrowotne należy liczyć od zsumowanego przychodu, tj. od wynagrodzenia z umowy o pracę i od wynagrodzenia z umowy-zlecenia.
Inaczej byłoby, gdyby pracownik pobierał wynagrodzenie za pełnienie funkcji członka zarządu na podstawie uchwały (np. rady nadzorczej). Wówczas spółka nie powinna od tego wynagrodzenia naliczać ani odprowadzać składek na ubezpieczenia społeczne i zdrowotne. Odprowadzi je jedynie od wynagrodzenia wypłaconego na podstawie umowy o pracę.