Kolejną okolicznością powodującą, że członek zarządu może odpowiadać za zaległości podatkowe spółki, jest wykazanie, że zaległości dotyczą zobowiązań powstałych w czasie pełnienia przez niego tych obowiązków. Kluczowe wydaje się rozstrzygnięcie, co oznacza pojęcie „pełnienie obowiązków”.
Z wyroku WSA w Olsztynie z 3 marca 2004 r. (III Sa 2889/02) wynika, że chodzi tu o rzeczywiste (czynne, faktyczne) wykonywanie funkcji członka zarządu, a nie tylko o piastowanie (bierne) funkcji, z którą te obowiązki są związane. Jest to niewątpliwie korzystny wyrok dla członków zarządu. W doktrynie stanowisko to nie znajduje jednak aprobaty, m.in. z uwagi na istniejące zasady logiki wskazujące, że taka postawa nie tylko nie pozwala członkowi zarządu na uwolnienie się od odpowiedzialności za zaległości podatkowe, ale przeciwnie – uniemożliwia mu przede wszystkim wykazanie jednej z przesłanek zwalniających go od tej odpowiedzialności (o których mowa w art. 116 § 1 op). Potwierdził to WSA w Warszawie w orzeczeniu z 25 października 2006 r. (III SA/Wa 2508/2006).
W praktyce mogą pojawić się wątpliwości związane z odpowiedzialnością członków zarządu powołanych (odwołanych), gdy zmiany w składzie zarządu nie zostały ujawnione w rejestrze handlowym.
Zasadniczo pełnienie funkcji członka zarządu spółek kapitałowych jest kadencyjne. Gdy umowa spółki z o.o. nie stanowi inaczej, mandat członka zarządu wygasa z dniem odbycia zgromadzenia wspólników zatwierdzającego sprawozdanie finansowe za pierwszy pełny rok obrotowy pełnienia funkcji członka zarządu. Możliwe jest też, na podstawie przepisów kodeksu spółek handlowych, że członek zarządu będzie powołany na okres dłuższy niż rok albo że członkowie zarządu będą powołani na okres wspólnej kadencji. Wydaje się, że utrata mandatu przez członka zarządu spółki z o.o. powinna następować z chwilą złożenia rezygnacji, a nie, jak niektórzy próbują twierdzić, z chwilą zgłoszenia takiego zdarzenia do rejestru handlowego.
Członek zarządu spółki z o.o. może być też w każdym czasie odwołany. Potwierdził to NSA w wyroku z 9 września 2002 r. (I Sa/Ka 1259/01). Czytamy w nim: „prawidłowo podjęta uchwała o odwołaniu członka zarządu i powołaniu w jego miejsce innej osoby staje się skuteczna niezależnie od tego, czy zmiana taka zostanie ujawniona w rejestrze spółki z ograniczoną odpowiedzialnością”. Wpis członka zarządu do rejestru ma co do zasady wyłącznie deklaratoryjny charakter (wyrok WSA w Warszawie z 17 października 2006 r., III Sa/Wa 2063/2006).
Ustalenie zatem prawidłowej wykładni art. 116 § 2 ordynacji podatkowej może być dokonane tylko przy łącznym odczytywaniu z jego § 4. Potwierdza on, że uregulowania art. 116 należy odnosić również m.in. do byłego członka zarządu. Możliwe zatem są sytuacje, kiedy zobowiązanie podatkowe powstanie w okresie pełnienia funkcji przez danego członka zarządu, a ujawnienie zaległości podatkowej nastąpiło później, tj. w okresie, gdy nie będzie on już piastował tego stanowiska. W tym wypadku dla określenia odpowiedzialności członka zarządu kluczowa będzie data powstania zobowiązania podatkowego.