Ponieważ nie ma wyraźnych wytycznych dotyczących sposobu prezentacji i szczegółowości danych oraz informacji, które trzeba zamieścić w dokumentacji cen transferowych, powoduje to pewną dowolność. Są jednak elementy, jakie dokumentacja taka powinna uwzględniać (wymienia je art. 9a ustawy o CIT).
Poza tym trzeba pamiętać o celu, jaki przyświeca przepisom o szczególnej dokumentacji podatkowej. Chodzi o możliwość określenia na jej podstawie, czy ceny za dane dobro lub dobra oraz świadczone usługi, stosowane przez przedsiębiorcę z partnerem z nim powiązanym lub mającym siedzibę w tzw. raju podatkowym, ustalone zostały zgodnie z zasadami rynkowymi. Z tego właśnie względu warto – w miarę możliwości – przygotować szczegółowe opracowanie, uwzględniające całokształt warunków transakcji. Skrupulatność opisu warto mieć na uwadze również ze względu na art. 180 § 1 ordynacji podatkowej, który jako dowód nakazuje dopuścić wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy a nie jest sprzeczne z prawem.
Dlatego właśnie lepiej postarać się, by w dokumentacji nie pominąć żadnego z jej obowiązkowych elementów.
Koniecznym elementem w dokumentacji cen transferowych jest analiza funkcjonalna. Powinna ona – stosownie do § 8 ust. 2 rozporządzenia ministra finansów z 10 października 1997 r. w sprawie sposobu i trybu określania dochodów podatników w drodze oszacowania cen w transakcjach dokonywanych przez tych podatników (dalej rozporządzenie) – określać, którzy kontrahenci pełnią funkcje ekonomicznie ważne (a więc takie, które są najistotniejsze dla tworzenia wartości i zysków powstających w wyniku transakcji). Wspomniane rozporządzenie skierowane jest do organów podatkowych oraz organów kontroli skarbowej, niemniej jednak może być dla podatników istotną wskazówką, jak tworzyć dokumentację odpowiadającą oczekiwaniom kontrolujących.
Pamiętajmy zatem, by podczas analizy funkcjonalnej uwzględnić przede wszystkim: