Nabywca nie będzie miał prawa do odliczenia VAT naliczonego zawartego w fakturach otrzymanych od nieuczciwego sprzedawcy. Niezasłużonej kary można jednak uniknąć. Pozwalają na to przepisy unijne.
Zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 1 lit. b ustawy o VAT nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne, gdy sprzedaż była udokumentowana fakturami lub fakturami korygującymi, w których kwota podatku wykazana na oryginale faktury lub faktury korygującej jest różna od kwoty wykazanej na kopii. Przepis ten narusza art. 17 ust. 1 i 2 lit. a oraz art. 18 ust. 1 lit. a VI dyrektywy VAT (odpowiednio art. 167, 168 lit. a oraz 178 lit. a dyrektywy 2006/112/WE)
Zasady odliczania podatku naliczonego określa tytuł XI szóstej dyrektywy (analogiczne regulacje zawiera dyrektywa 112). Prawo do odliczenia powstaje z momentem powstania obowiązku podatkowego przy podatku podlegającym odliczeniu. W zakresie, w jakim towary i usługi wykorzystywane są do celów transakcji opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do odliczenia od podatku przypadającego do zapłaty podatku od wartości dodanej należnego lub zapłaconego na terytorium państwa od towarów lub usług dostarczonych albo które mają być dostarczone podatnikowi przez innego podatnika.
Ust. 6 i 7 art. 17 przewidują ograniczenia prawa do odliczenia. Mogą one dotyczyć jednak tylko pewnych rodzajów wydatków ponoszonych przez podatnika oraz pewnych nabywanych przez niego towarów. Nie mogą natomiast dotyczyć kwestii formalnych czy dokumentacyjnych (a więc takich, jak zgodność oryginału faktury z jej kopią).
Jedynym warunkiem odliczenia jest – przy zakupach towarów i usług na terytorium kraju – posiadanie przez podatnika faktury wystawionej zgodnie z art. 22 (3) VI dyrektywy (podobnie dyrektywa 112). Przepis ten zobowiązuje podatnika do wystawienia faktury nabywcy jego towarów lub usług. Jeśli chodzi o kopię faktury, dyrektywa wskazuje jedynie, że podatnik obowiązany jest zapewnić przechowywanie kopii faktur wystawionych przez niego, a także otrzymanych faktur.